陳獨秀於1919年1月出刊的《新青年》發表〈本誌罪案之答辨書〉，旨在批駁反對者的非難：「……本誌同人本來無罪，只因為擁護那德莫克拉西(Democracy)和賽因斯(Science)兩位先生，才犯了這幾條滔天的大罪。要擁護那德先生，便不得不反對孔教、禮法、貞節、舊倫理、舊政治。要擁護那賽先生，便不得不反對舊藝術、舊宗教；要擁護德先生又要擁護賽先生，便不能不反對國粹和舊文學。」陳獨秀明白揭示新文化運動的二大基本原則－「德先生」(民主，Democracy)和「賽先生」(科學，Science)，他「認定只有這兩位先生，可以救治中國政治上、道德上、學術上、思想上的一切的黑暗。」民國初年，中國的現代化運動受到挫敗，新建的共和體制無法深植於中國，政治混亂黑暗，國家危機日重，新知識分子感到憂心沉痛之際，積極思索拯救民族危亡的有效新途徑。同時，原有的舊制度、規範、信仰等亦隨著帝制的崩潰而搖搖欲墜，在傳統文化的解體下，人們無所適從，社會上產生了建立新意識形態的急迫需求。民主和科學被視為現代西方國家進步的表徵，也正是陳獨秀為了使「吾人最後之覺悟」而鼓吹的新的意識形態。因此，新文化運動標榜提倡自由平等的民主和求真求實的科學，強調立新必先破舊，堅持以絕不妥協的態度，掃除舊傳統的障礙。《新青年》主張激進的思想革命，威力雖然足以震撼舊傳統，但嚴格說來，「破舊」有餘，「立新」不足。由於受制於現實環境的限制，加上非憑倡導就一蹴可及，因此民主、科學無法有具體的成果可言。當時的新知識分子雖常高呼民主之名，但實際上，他們不曾充分討論或瞭解過其真正的意涵。在西方，民主是一種政治制度和生活方式，基本要義在於保障個人自由和公民權利；然而在中國，指的只是平民的政治參與，強調動員民眾參與變革社會的運動，以實現民族救亡圖強的目標。陳獨秀就把民眾是否得以參政看得至高無上，自由與權利反倒成了次要的問題。啟蒙和救亡是新文化運動最關注的議題，表現在科學思潮的引進上，就演化成提倡自然科學和社會科學的雙重軌跡。當時成立的中國科學社及《科學》月刊，致力於自然科學的傳播與研究，是思想啟蒙的代表之一。然而，當時的知識分子一方面囿於科學知識與訓練不足，著力於探討科學理論的並不算多，另一方面在民族救亡強烈的亟求下，科學被視為是一種實用技術，更被直接簡化成一種社會哲學，承擔了救國的神聖使命，因此，救亡的訴求也就壓倒啟蒙的努力；換言之，他們所要提倡的不是自然科學，而是基本的科學精神，以作為社會革命的理論和方法。陳獨秀說：「科學者何？吾人對於事物之概念，綜合客觀之現象，訴之主觀之理性而不矛盾之謂也。」他認為科學是理性的思考方法，就是「拿研究自然科學的方法，用在一切社會人事的學問上。」胡適也力倡科學。他說：「人的文明的特點，就是特別圖謀人生的幸福。」他認為科學是謀求國家富強、人生幸福的重要工具。他駁斥「西方只有物質文明，而中國人精神文明超過西方」之說，他曾經嘲諷的說，一個坐著小舢板在水上飄蕩的東方人，有什麼理由對著頭頂上飛過的飛機，嘲笑那是物質文明，而誇耀自己是精神文明呢？因此，科學就是以實是求是的態度來清除積習，對促進國學研究和史學發展固然有所貢獻，但卻無助於自然科學在中國生根。在自然科學的研究上，在丁文江的推動下，地質學與生物學較有成效，其他較無發展，傅樂詩認為此是因為「達爾文式的科學家提供一種科學方法的經驗性描述。因此中國研究西方科學的第一代知識分子大多被經驗性與歷史性的學科所吸引，如醫學、地質學、生物學與考古學。而很少有人成為理學家或化學家。十九世紀有關自然史的科學對中國人較有直接的吸引力，因為中國人的先認為歷史的研究是所有理性探的共同模式，且中國人不習慣於區分科學中的理論性概念與一般的思辨性思想……他們的研究強調分類歸納性的概述，而不強調理論性的假設之較具創造力且基本的技巧以及數學模式的建立。」科學和民主同樣地被意識形態化，功能只是在暫時取代了社會達爾文主義，成為新的尋求救亡的工具。張灝先生曾把這種現象比喻為「賽先生」、「德先生」變成了「賽菩薩」、「德菩薩」。最有趣的例子是丁文江，尤其是他那完全科學化、卻又刻板的生活習慣。胡適曾說他「是一個歐化最深的中國人，是一個科學化最深的中國人。」根據胡適在《丁文江這個人》的描述，丁文江絕對不信中醫，因為他認為中醫絕不科學。有次他在貴州內地旅行，與跟人一齊病倒了，他不肯讓中醫診治，一意打電報至貴陽請西醫，甚至跟人病死了，亦不肯破戒。又如：「他的生活最有規則：睡眠必須八小時，起居飲食最講究衛生，在外面飯館裏吃飯必須用開水洗杯筷；他不喝酒，常用酒來洗筷子；夏天家中吃無外皮的水果，必須先在滾水裏浸二十秒鐘。」

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