南宋建炎二年（1128 A.D），黃河改道由泗水入淮河，侵奪了淮河下游河道。黃河所挾帶的大量泥沙，使淮河的河床淤高，打亂原本平衡的水系，淮河流域開始災害頻傳，如紹興三十二年（1162 A.D.）至興隆二年（1164 A.D.），連續三年淮河大水，數十萬人流徙江南。在明萬曆以前的四百多年間，雖然人們不斷修築堤防，堵塞決口，但河道ㄧ直在變動，主流經常在潁水、渦水、睢水、泗水等河流間擺動，再匯入淮河出海。明代潘季馴總理河道時，採取「束水攻沙」的措施，想要用淮河含沙量少的河水，沖刷黃河含沙量較高的河水。他不斷增築高家堰，使洪澤湖水位提高，用來調蓄淮河來水，以清口（今淮陰北部）作為出水口，期望能刷深河道，減少河沙淤積，讓黃河、淮河都能順暢入海。但效果不明顯，後由楊一魁總理河道時，在高家堰上建三座閘（武家墩、高良澗及周家橋），以分泄淮河洪水入運河，開金灣河，並興修金灣三減壩，泄水由芒稻河入長江，為導淮入江的開始。清代仍沿用潘季馴的辦法，康熙十六年（1677 A.D.）時，任命靳輔為治河總督，他採納幕僚陳潢的建議，沿用並發展「束水攻沙」的辦法，仍大築高家堰，並開鑿引河五道，引洪澤湖清水沖刷黃河河床。此外為分減洪水，靳輔還在高家堰上建立六座減水壩，分減湖水經由白馬湖、寶應湖等入運河，並在運河東岸建置歸海壩、歸江壩，排水入海入江。清代中葉以後，河政日漸腐敗，河道淤塞，一遇淮河大水，洪澤湖的湖水只能向南尋找出路，形成淮河改道入江的新局面。雖然咸豐五年（1855 A.D.），黃河又北遷，與淮河分離，但原淮河下游河道已被黃河泥沙淤塞，淮河已出海無路，仍為水患嚴重的河流之一。

王清任（1768—1831），字勳臣，清玉田人，武庠生，納粟得千總銜。二十歲左右始習醫，後久居京師，以醫為業，並開了一間「知一堂藥鋪」，名噪京師。他是第一位對傳統醫學體系提出嚴厲糾正的中國醫生，並被清末西醫德貞（Dudgeon）譽為：「近代中國解剖家」。他的著作《醫林改錯》於1830年（道光十年）在北京刊行後，造成不小的震撼。據統計，該書自1830至1950年竟再版了40次，為古代任何一家之言的醫學著作所不及，影響一代醫學思潮甚巨。對於他的評論歷來不絕，褒貶不一，各有所重。近代醫家劉鐘衡（約生於十九世紀末）謂：「王清任先生《醫林改錯》一書，以獨見之智力，闢古人之非，驚喜交集，半生疑竇，一旦豁然。」劉自述他在1884年到上海購買西醫書數種，其中看過合信氏之《全體新論》後，發現其中描繪之「骨肉臟腑，半與前書?合。」所以他給王清任的評價是：「西醫於骨肉臟腑逐層剖驗，形真體晰，中華向無此條」，而「千載而後，闡發餘蘊，實王先生《改錯》一書，為之嚆矢也。」可見後來被稱為中西醫匯通的醫家們，在當時也受王書甚多的啟發；而王書與西醫之說有類似之處，它們都對傳統中醫做出批評，皆對當時的醫家產生相當大的影響。

北宋治河的特色在於「人工改道」。歷來黃河改道，多因自然決溢無法堵口，後漸成新河道並加修堤防，但北宋則進行三次堵新復舊的人工改道工程。第一次在嘉祐元年（1056 A.D.），嘗試堵塞於現今天津附近入海的河道，使之由北流轉為東流，但失敗未成；第二次在熙寧二年（1069 A.D.），再堵北流河道，使黃河東流，由樂陵、無棣入海，但只維持十二年，又決口向北流入海；第三次在紹聖元年（1094 A.D.），又展開改北流復東流的治河工程，但只維持五年，又決向北流入海。南宋建炎二年（1128 A.D.），東京守將杜充，為防禦金兵入侵，決黃河於滑州（今河南滑縣），造成黃河改道，向東南分南、北清河（泗水、濟水）入海。當金人據有黃河下游後，百餘年間，僅有三、四十年有局部修堤，大部分時間均放任漫流，較不重視水利。元代治河也多屬於局部修堤，以保護城鎮為主。八、九十年間，黃河下游河道，南北搖擺不定，南入潁水、渦水，北入昭陽等湖。而此時期最著名的治河工程，為賈魯挽河南流。至元三年（1343 A.D.），黃河決於白茅口（今山東曹縣），氾濫數年無法堵口，當時宰相脫脫採納賈魯之建議，於至正十一年（1351 A.D.）四月，任命賈魯為工部尚書兼總治河防使，主持堵口工程。其主要措施有三：首先疏浚舊河道，接著整修堤防，最後進行堵口。賈魯發民夫十五萬人，軍卒二萬人，進行堵口工程，七月即疏浚河道二百八十餘里，八月引水進入故道，九月開始堵口，他以二十七艘大船，裝石做「石船堤」，並排橫於河道，左右與兩岸相接，前後互相固定，同時鑿沉於河底作堵口之基礎，至十一月完成堵口工程，挽河走徐州循泗水河道入海，但維持不到十年。

1834年，第一位正式的傳教士醫師伯駕（P. Parker）前往中國。他先利用一年的時間學習語文，之後就開設了教會在中國的第一所現代化醫院─博濟醫院（Canton Missionary Hospital），它是遠東第一家西式醫院，也是孫中山的母校。這家醫院還有兩項特色，第一﹐它以眼科著名；第二﹐它是當時教徒們的宣教所，第一位中國籍的牧師梁發──影響洪秀全創教的《勸世良言》之作者，與伯駕友善，是這醫院的應聘傳教士。在這一段西力東漸的初期，外國人在中國沿海的活動，常是中國紳民仇視的目標，因此中國人對教士在各地的育嬰室、醫院、學堂等等善舉，實在難以信任。而基督教的各種禮儀及習俗，均為中國人聞所未聞之事，故一般人乃視之為邪術，並散布種種無稽而聳人聽聞的謠言。在這排外、疑外的空氣中，伯駕以其精明的醫術，贏得許多病人的信任，他們不敢白天到西洋人的醫院，大多數趁著黃昏或晚上到達伯駕的醫院，看完病後深夜才提著燈籠回家。 1838年（道光十八年），伯駕會同裨治文（E. C. Bridgman）、郭雷樞等，發起組織「中國博醫會」（Medical Missionary Society in China）於廣州，其設立宗旨為：「提供義診及資助澳門、廣州、上海、香港、寧波、廈門等地建設醫院，出版中文醫學書籍，主辦醫療人員之教育等事。」在中華醫學會未成立之前，中國博醫會一直負起傳布西方醫藥知識的責任，且於1887年開始出版「博醫會誌」（China Medical Missionary Journal），這是中國最早且發行時間最久的科學雜誌。

大和朝廷除了軍事上的作為，也在政治上與文化上進行統一工作。其政治組織之中心人物為「大王」，即後來之天皇，王之下為對統一事業有功之豪族。在中央設「大臣」、「大連」，地方則置「國造」、「縣主」（管朝廷的領地）諸職官以作為其統治體制。但在五、六世紀間還沒有形成一中央集權的國家，在大化革新以前，大和朝廷只能視為各大豪族的聯合會議。這是由於日本國土為大和政權所統一時，中央與地方之各族長就被納入以皇室為中心的新政治關係之中。那些族長的家族叫做「氏」，原是家族中有勢力者與分出之家族結合的政治團體；但是中央的勢家則會隨其勢力之增強，而將原本無血緣關係的地方勢豪結合起來，形成足以左右中央政權的一股勢力。而在地方上，由於財產的私有，展開了階級的分化。氏族社會中的族長，變為擁有奴隸部民的地方統治者。這類統治者在國土統一運動期間，或被消滅，或妥協成為「國造」。這些「國造」既是各地豪族轉變而成為地方政權的掌握者，是否受中央的命令，端視大和朝廷的實力如何而定。

鐮倉幕府是以其直屬領地的收入作為財政基礎，並隨其需要而得向諸國之守護、地頭課徵稅賦。然而室町幕府對於守護與地頭的統制並不徹底，故其主要經濟來源為分散於各地的二百餘處之「御料所」，即直轄領地，由將軍的近臣以「代官」的身份負責管理，並代徵「年貢米」、「年貢錢」，作為將軍家之生活費與「代官」之俸祿。必要時，雖然也向諸國之守護與地頭課稅，但他們未必聽命。為了增加稅收，室町幕府開始重視對商業稅的徵收。如在畿內的交通要衝設「關所」，對往來的商販徵收「關前」，在渡口收取「津料」。並且對京都內外的「土倉」（當舖）與「酒屋」（酒坊），課徵「倉役」與「酒屋役」。也會透過各地的守護、地頭向成為課稅對象的田（「公田」），徵收「段錢」；向成為課稅對象的的民房（「在家」），徵收「棟別錢」。如臨時有事需要經費而無著落，有時也向「有德人」（富者）借貸。幕府財政自始即很不安定，為了解決經濟拮据的問題，乃對明朝從事貢舶貿易，此項收入逐漸成為幕府的最大財源。

有學者認為，整個大化革新的歷史過程，應該從604年聖德太子頒佈《憲法十七條》開始，其中646年的《革新詔書》則是此後改革的基礎，一直要到701年的《大寶律令》及718年《養老律令》公佈後，大化革新的理想才算完成，也就是以大唐國為典範，透過制定「律、令」等成文法，使得日本能夠成為一「法式備定」的天皇制中央集權國家，也有人以「律令體制」來稱呼這時期的日本政治結構。在律令體制中，天皇是建國之神的子孫，具有「明御神」（以人的形象顯現之神）的權威，擁有全國土地與人民的最高專制權力，律令的條文，對天皇的權限無一語道及，這是因為天皇是超越法律的，天皇即是國家（當時讀作「Mikado」，即「帝」之義）。在實際的統治上，是由天皇任命的官僚，依據法律與各行政機構來執行。中央政府分成「神祇官」與「太政官」兩種機構。神祇官負責祭祀天皇祖神及其他神祇，並掌管神社。太政官則掌理國政，設太政大臣（必要時）、左大臣、右大臣。其下分八省執掌庶務，中務省：掌侍從、詔敕、傳奏等宮中事務；式部省：掌文官之進退、朝儀、學校等；治部省：掌氏姓、繼嗣、喪葬、佛寺、外國事務等；民部省掌田地、戶口、租庸調、課役等一般民政事務；兵部省：掌武官之進退、士兵、兵器等；刑部省：掌司法；大藏省：掌出納、調賦、貢物、金銀、物價、度量衡等；宮內省：掌宮中庶務與供御營造等；八省之外則有彈正臺：掌監察之職。在地方行政上，除京都外，將全國分成「國─郡─里（後改為鄉）」三級，國有「國司」（分守、介、掾、目等），由中央派任，其目的在加強朝廷對地方的掌握。；郡有「郡司」（分大領、少領、主政、主帳等），多由以往國造階層的豪族擔任。

由於人民在租稅、賦役苛重，無法負擔的情況下，開始捨棄口分田逃亡，選擇在他鄉的豪族與富農下作事。儘管朝廷嚴禁違法藏匿逃亡者，甚至於希望將逃亡的人能夠重新納入戶中，以便課稅；但是接納逃亡者為了自己的利益，當然儘量加以藏匿，以免課賦，最後逃亡者逐漸成為接納者的奴隸。而高官、貴族、大寺社，亦爭相占有林野，並且匿田以為己有，使得原本一切土地為天皇所有（「公地」），人民由天皇設官統治（公民）的律令體制逐漸瓦解。於是變成由貴族、地方豪族、寺社、富農等有權有勢者，控制了原先朝廷所擁有的土地與廣大的未墾地，而形成土地私有的「莊園制度」。由於「公地公民制度」不能有效實施，使得原本規劃的徵兵制也因此無法順利施行，而改為以富農與豪族子弟為兵的選任制。又由於皇族與貴族在不斷爭戰之中，逐漸喪失其對所領有的土地直接控制權力，使得朝廷失去了統制地方豪族的力量。面對社會失序，盜賊橫行，地方上的社會結構因而有了新的發展。莊園因為在政治上脫離了中央政府的控制，為了自保便開始武裝，大莊園的首長，也逐漸成為其他小莊園所依附的對象，成為地方上的大武家。而原先皇族與貴族所領有的土地，同樣為了自保而擁有武力，形成另外一種形式的莊園，這些莊園的首長同樣也變成武家。全國因而形成中央為皇族與貴族，地方為武家所實際掌握的情形。

源賴朝於1199年去世，由嫡長子賴家繼位，此時賴家年方十八，無統御諸將之力，其母北條政子乃與其父北條時政合謀，由北條時政與其子義時聯合其他諸將合議處理政事。北條氏乃藉機扶植自己的勢力，陸續打倒同輩之後，還處分了原本屬於源氏的土地，之後甚至殺賴家，操縱之後的繼位者源實朝（賴家之弟），從此幕府大權旁落北條氏之手。由於北條氏出身低微，在注重門第的當時，無法取代源氏一族，只能保留幕府將軍之職，而由其擔任侍所、政所的首長以綜理幕政，稱為「執權」。此後，雖然朝廷不斷地想打敗北條氏的勢力，但都無法成功。上述「執權政治」發展到最後，幕府的最高職位在制度上，變成由北條氏的族長「得宗」所取代。原本在幕府制度上還具有的合議性質，變成「得宗專制體制」。這發展與元軍征日有關。

聖德太子攝政後即大力進行改革，並遣使入隋、唐學習中國制度，推行新政，內容有制定「冠位十二階」（603）、頒佈《憲法十七條》（604）、採用曆法、編修國史、使用天皇名號、興隆佛教等。「冠位十二階」是贈與個人功勳的一種升等榮爵，共分「大德、小德、大仁、小仁、大禮、小禮、大信、小信、大義、小義、大智、小智」十二個位階，又搭配「紫、青、紅、黃、白、黑」六色的冠帽以資區別，這種封贈不能世襲，及身而止，具有官僚制的性質。不過此時氏族力量仍然強大，所以呈現一種並行的情況。《憲法十七條》的內容中，「第一條：以和為貴」，主要在緩和皇族與氏族之間的爭執；「第三條：承詔必謹」；「第十二條：國無二君，民無二主，率土兆民，以王為主」，主要的目的是在確立天皇的權威，否定以往控制私地私民的氏族。從「冠位十二階」與《憲法十七條》的內容取材自中國諸子經典，可見聖德太子的政治改革思想受到中國文化影響很大。