鐮倉幕府是以其直屬領地的收入作為財政基礎，並隨其需要而得向諸國之守護、地頭課徵稅賦。然而室町幕府對於守護與地頭的統制並不徹底，故其主要經濟來源為分散於各地的二百餘處之「御料所」，即直轄領地，由將軍的近臣以「代官」的身份負責管理，並代徵「年貢米」、「年貢錢」，作為將軍家之生活費與「代官」之俸祿。必要時，雖然也向諸國之守護與地頭課稅，但他們未必聽命。為了增加稅收，室町幕府開始重視對商業稅的徵收。如在畿內的交通要衝設「關所」，對往來的商販徵收「關前」，在渡口收取「津料」。並且對京都內外的「土倉」（當舖）與「酒屋」（酒坊），課徵「倉役」與「酒屋役」。也會透過各地的守護、地頭向成為課稅對象的田（「公田」），徵收「段錢」；向成為課稅對象的的民房（「在家」），徵收「棟別錢」。如臨時有事需要經費而無著落，有時也向「有德人」（富者）借貸。幕府財政自始即很不安定，為了解決經濟拮据的問題，乃對明朝從事貢舶貿易，此項收入逐漸成為幕府的最大財源。