南宋建炎二年（1128 A.D），黃河改道由泗水入淮河，侵奪了淮河下游河道。黃河所挾帶的大量泥沙，使淮河的河床淤高，打亂原本平衡的水系，淮河流域開始災害頻傳，如紹興三十二年（1162 A.D.）至興隆二年（1164 A.D.），連續三年淮河大水，數十萬人流徙江南。在明萬曆以前的四百多年間，雖然人們不斷修築堤防，堵塞決口，但河道ㄧ直在變動，主流經常在潁水、渦水、睢水、泗水等河流間擺動，再匯入淮河出海。明代潘季馴總理河道時，採取「束水攻沙」的措施，想要用淮河含沙量少的河水，沖刷黃河含沙量較高的河水。他不斷增築高家堰，使洪澤湖水位提高，用來調蓄淮河來水，以清口（今淮陰北部）作為出水口，期望能刷深河道，減少河沙淤積，讓黃河、淮河都能順暢入海。但效果不明顯，後由楊一魁總理河道時，在高家堰上建三座閘（武家墩、高良澗及周家橋），以分泄淮河洪水入運河，開金灣河，並興修金灣三減壩，泄水由芒稻河入長江，為導淮入江的開始。清代仍沿用潘季馴的辦法，康熙十六年（1677 A.D.）時，任命靳輔為治河總督，他採納幕僚陳潢的建議，沿用並發展「束水攻沙」的辦法，仍大築高家堰，並開鑿引河五道，引洪澤湖清水沖刷黃河河床。此外為分減洪水，靳輔還在高家堰上建立六座減水壩，分減湖水經由白馬湖、寶應湖等入運河，並在運河東岸建置歸海壩、歸江壩，排水入海入江。清代中葉以後，河政日漸腐敗，河道淤塞，一遇淮河大水，洪澤湖的湖水只能向南尋找出路，形成淮河改道入江的新局面。雖然咸豐五年（1855 A.D.），黃河又北遷，與淮河分離，但原淮河下游河道已被黃河泥沙淤塞，淮河已出海無路，仍為水患嚴重的河流之一。