「醫學校」創校初期招生不易，學生入學資格只須公學校初等科，能解日語，年滿十六歲即可報考。第一屆到第八屆均為公費生，由學校給予生活費及雜費。隨全島公學校畢業生增加，學醫風氣漸開，入學困難度增加，錄取率漸降，亦開放自費生名額，1908至1922年錄取率僅約8─10％，自費生比例逐年增加，至1917年廢止公費生制度。學生素質漸漸提昇，1908年之後畢業率超過85％。「醫學校」共畢業了28屆的本科生，總數772人，全數為臺灣人。醫校畢業生除懸壺濟世外，也成為臺灣社會的菁英份子。「醫學校」學制為預科一年，及本科四年。預科課程主要在培養學生的日文能力，奠定學生數學、社會科學、自然科學、生物學的基礎。本科課程則以台灣的傳染病（包括瘧疾、鼠疫、天花、霍亂、赤痢、傷寒、結核病、癩病、腦膜炎、登革熱）及風土病（如甲狀腺腫、鴉片戒毒、腳氣病、膿瘍、恙蟲病、肺吸蟲、蛔蟲、鞭蟲、鉤蟲、蛇毒）為主，教授當時日本醫學界最新的知識，具本土化基層醫療的導向。「醫學校」第三任校長堀內次雄特別鼓勵有關熱帶醫學及臺灣風土病的研究，於1919年4月設立「熱帶醫學專攻科」，招收立志從事熱帶醫學工作的醫師 (醫學校畢業生或日本醫專的畢業生)，修業期間一年，共舉行三屆，畢業生20名。另有「特設科」，專收中國留學生，由校方委託駐廈門的日本領事館，招收廈門日語小學校畢業生，自1915年開辦至1919年止，共五期，34名畢業生。「醫學校」升格為「台北醫專」後，不少「醫學校」畢業生在堀內次雄鼓勵下，以「台北醫專」作為畢業後的進修教育與繼續教育，醫學教育品質也隨之提升。除了一般授課外，還有臨床實習。臺北醫院雖是醫學校的教學醫院，且就在隔鄰，但因臺北醫院多數病人是日本人，而醫學校所有學生全部為臺灣人，因而很少使用臺北醫院作為學生的實習場所。1905年以前臨床實習就在艋舺仁濟院與愛愛寮，愛愛寮是乞丐與無家可歸者的收容所，仁濟院是臺灣人的基層醫療設施。1905年2月「日本赤十字社臺灣支部醫院」開始診療，成為醫學校正式的附屬醫院。實習學科中，由於解剖學實習所需的大體甚為難得，透過總督府於1899年發布的訓令350號，以及1908年設立的「臺灣全終會」，增加可供醫學實驗解剖之用的大體。