早在清末，許多中醫界人士例如何廉臣、周雪樵就指出了：要辦好中醫院校，「編輯中醫教材」是第一難題。因為中醫不能廢，但西醫的知識又不能不去瞭解，但就當時中醫界對西醫知識普遍陌生的情況而言，不可能編出合適的兼通中西醫教材。近代中醫教育由於受到西方和西醫教育的影響，在課程設置和教學內容上，較傳統中醫教育有了很大的區別。首次採用近代自然科學學科分類方式，把中醫學分為基礎學科與應用學科兩大類。初步確定了這兩大學科下屬各門科目的內涵和外延。如中醫基礎學科包括解剖生理學、衛生學、病理學、診斷學、藥物學(本草學)、處方學、醫學史。中醫應用學科包括內科學、外科學、婦科學(附產科學)、兒科學(附痘疹科)、眼科學、喉科學、齒科學、針灸科學、按摩科學、正骨科學(附金鏃科)、花柳科學、法醫科學。各地中醫院校已開始自行編寫教材用於教學。如張光三的《內經講義》、丁甘仁的《醫經輯要》、張壽頤的《難經匯注箋正》、秦伯未的《生理學講義》、汪逢春的《中醫病理學》等。編撰者還力圖在中醫教材內融會貫通中西說。為擴大學生知識結構有些學校還專門增加生理、解剖等西醫課程，以及國文、外文、體育等公共課，與現代中醫教育已有所接近。