基隆、淡水之役後，北臺灣的戰況呈現膠著狀態，法國政府決定將報復行動改為軍事封鎖。於是，1884年10月，孤拔在旗艦上發佈封鎖臺北西北沿岸的宣言。其內容如下：自10月23日開始，與法國友好之各國船舶限三天內完成裝船，自指定地區內撤出。對於破壞封鎖之船舶，將依國際公法及現行諸條約處理。11月，進而宣布封鎖範圍擴大到距岸5海浬的海上。1885年1月，又宣布封鎖線延長到臺灣東部。封鎖臺灣使中國難以對臺灣進行人員、物資的支援。同時，臺灣對外貿易因此停頓，物價隨之上揚。臺灣道劉璈要求各國領事干涉法國封鎖，惟未能獲得各國領事得到滿意的答覆。清國政府為緩和封鎖，不斷要求南北洋大臣派船前往支援，都未能執行。最後，清廷被迫採緊急措施，暫時利用外國船舶及中式帆船以秘密運輸的方式，從封鎖較鬆的臺灣東部運送物資。清、法在臺灣的軍事對峙，形成長期攻防戰。臺灣各種熱帶傳染病和風土病猖獗，法軍病患死亡人數日增，使法軍逐漸陷於不利的局面。1884年年底，法國侵臺的可用之兵已不足千人。法國政府開始意識到佔領臺灣的困難度，再從駐紮非洲的軍隊抽調千人來臺增援。中國方面則陸續增加兵員，駐臺清軍從最初的五千人增為三萬人。法國政府明瞭僅三千人的法軍已不可能取得決定性的勝利，故決定選擇適當時機撤兵，轉而佔領澎湖群島，並對基隆發動最後一次攻擊。基隆之役乃清法雙方在臺攻防最激烈的一次，清軍陣亡一千五百人，法軍也陣亡百餘人。