中國自然、人文地理上有一條分界線：「秦嶺─淮河」線，它與一月月均溫攝氏0度等溫線，及年雨量750公釐等雨量線幾乎重疊；以北是溫帶季風氣候，以南則是副熱帶季風氣候；在人文上是南稻北麥、南船北馬的界線。秦嶺、淮河以北，氣候寒冷而乾燥，是少水或缺水的乾旱地區，因此在此區的運河往往面臨的缺水的問題，也使運河的效能大打折扣。秦嶺、淮河以南，則氣候高溫多雨，是水資源充裕的地區，但是有時也會因為水多而使得船隻在航行時不甚安全。如運河在揚州府（今江蘇省北部地區）的「湖漕」一段，因為明代時修築「單堤」，造成湖水蓄積，導致湖面變寬，湖水加深，船隻經過時，會因為風浪過大而翻覆。據明黃承玄所撰之《河漕通考》〈淮南諸湖〉一段所記載：「淮揚諸湖，故係民間膏壤，其地形西高而東下。自隋唐以來，開溝置堰，瀦水通漕。西山之水，障於東堤，以漸匯為巨浸，古稱有三十六湖，湖名不盡著，而其大者為寶應之白馬、汜光，高郵之新開、甓社，江都之邵伯，山陽之管家，及舊志可考者凡十有八焉。湖，初高江淮數丈，水易洩而難瀦，及遞年以來黃淮內灌，湖腹日飽，汪洋浩蕩，方數百里，不辨津涯。今第名之曰：寶應、高郵、邵伯三湖而已。其隄以東下邑諸湖，以非運道所經，不具載。」明代改道由淮河入海的黃河使得原本湖面加大，有助於通漕。可是此後逐漸變成堰堤之水高於堤外之城鎮的情況，一旦淫雨不止，水溢或是堤潰，就帶來更大的災害了。如《明史》載萬曆初年管理南河工部郎中施天麟言：「淮、泗之水不下清口而下山陽，從黃浦口入海。浦口不能盡洩，浸淫高、寶邵伯諸湖，而湖堤盡沒，則以淮、泗本不入湖，而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又緣清口向未淤塞，而今淤塞故也。清口之淤塞者，又緣黃河淤塞日高，淮水不得不讓河而南徙也。蓋淮水併力敵黃，勝負或亦相半，自高家堰廢壞，而清口內通濟橋、朱家等口淮水內灌，於是淮、泗之力分，而黃河得以全力制其敝，此清口所以獨淤於今歲也。下流既淤，則上流不得不決。」「每歲糧艘以四五月畢運，而堤以六七月壞。水發之時不能為力，水落之後方圖堵塞。甫及春初，運事又迫，僅完堤工，於河身無與。河身不挑則來年益高。上流之決，必及於徐、呂，而不止於邳、遷；下流之涸，將盡乎邳、遷，而不止於清、桃。須不惜一年糧運，不惜數萬帑藏，開挑正河，寬限責成，乃為一勞永逸。」「至高家堰、朱家等口，宜及時築塞，使淮、泗併力足以敵黃，則淮水之故道可復，高、寶之大患可減。若興、鹽海口堙塞，亦宜大加疏濬。而湖堤多建減水大閘，堤下多開支河。要未有不先黃河而可以治淮，亦未有不疏通淮水而可以固堤者也。」從施氏之言亦可知，政府往年只重視「運事」，所以只完成「堤工」的修建，而不圖「河身」的疏通，以致連年大水成災。這限制了這一區發展的可能，更甚者，水患將往昔的成果消解掉了。