鴉片戰爭之後，在「中華醫藥傳教會」的推動下，西醫以更大規模、更系統的傳入中國，以五口通商的城市為主，建立醫院、編譯書籍和傳播西醫知識。其中，在醫藥傳教方面作出較大貢獻的是著名傳教醫生嘉約翰（John Glasgow 1824-1901）和他創辦的博濟醫院(Canton Hospital)。嘉約翰是美國長老會（Presbyterians）傳教士，1847年畢業於費城傑佛遜醫學院。1854年受教會委派來華，在廣州眼科醫局協助伯駕工作。1855年伯駕出任美國駐華外交官後，眼科醫局由嘉約翰全面負責。1856年第二次鴉片戰爭爆發，眼科醫局毀於戰火，1859年，嘉約翰用募集到的捐款在廣州另辟新址設立了一家新醫院，定名「博濟醫院」。這是中國最早的醫科，完備的教會醫院。嘉約翰擔任院長44年，直到1899年卸任。不僅在廣州設有總院，還在廣東的其他地區設立分院，既便於下鄉傳道，又能沿途施醫給藥，可謂一舉二得。該醫院以專治眼科和外科手術最為擅長，曾經成功施行過結石手術、卵巢囊腫切除手術和腫瘤切除手術。據統計，嘉約翰醫生在主持博濟醫院的醫務近半個世紀中，他所診治的門診病人多達74萬人次，住院病人達4萬人次，曾為49000余病人做過外科手術，培養了150名西醫人才。博濟醫院還兼有刊印醫書和編譯醫學教材的功能。1871年，嘉約翰翻譯的系統介紹西藥種類、制法、功效及用途的醫書《西藥略釋》，即由該院刊行。嘉約翰另一個重要貢獻是開創了西醫教育之先河，創辦醫校，培養西醫。近代中國之傳教士為了醫務的需要，往往採取招收中國學徒的方式，傳授一些淺顯易懂的醫學知識，以培養助手為目的。馬禮遜、利文斯敦、伯駕等人都曾有過訓練華人做醫務助手的教學經歷。1866年（同治五年），嘉約翰在博濟醫院?創辦南華醫學堂，後改名?博濟醫校。此是中國第一所正式的西醫學校。主要招收惠愛醫局（今廣州市芳村廣州精神病院的前身）的學生，也招收少數開業的中醫生。1868年（同治七年）招收學生12人，1870年（同治九年）又增收數名。每周二、六上課兩次，學制三年。嘉約翰親自教授藥物學和化學兩門課程，聘請留英學生、惠愛醫院的?寬醫生講授解剖學、生理學和外科學課程。至1879年（光緒五年），此校改名?「南華醫校」，同時開始招收女學生。1886年（光緒十二年），孫中山進入此校肄業。1897年（光緒二十三年）在校學生達到31人。這所醫校至1912年停辦，計共培養了150名畢業生。他們大多數在廣州和廣東省?各地從事西醫業務，也有少數進入西醫學校擔任教師，對於近代西醫教育事業作出了貢獻。