辛亥革命前後是中國近代教育體制重大轉變的時期，封建科舉制度被廢除，近代西方教育制度被引入，就醫學教育而言，國家、地方、及私人開辦的新式醫學校陸續建立，教會及外人辦的醫學校在調整和擴充。正值此時，美國洛克菲勒基金會(羅氏基金會)介入中國的醫學教育，並在相當長的一段時期內，對中國醫學教育的發展起到了不可忽視的作用。1909年，蓋茨（F.T. Gates）建議洛克菲勒資助東方教育委員會，希望能在中國建立一所純西方式的大學，以為中國政府提供一個樣板並可培養新式醫師，但他的計畫未被接受。1913年羅氏基金會選舉了新的董事會、並成立了國際衛生委員會。作為董事之一的蓋茨與另一董事格林(J.D. Creene)再次提出在中國推行現代醫學教育的建議。董事會在1914年舉行特別會議，討論在中國進行醫學教育的問題。同年派遣芝加哥大校長古德森(HP. Cudson)、哈佛醫學院醫生皮博迪(F.W. Peabody)和美國駐漢口領事格林(R.S. Greene)等組成考察團，專門到中國調查醫學和醫學教育的情況。從1914年4月起，對北京、天津、濟南、漢口、長沙、南京、蘇州、上海、香港、廣州、汕頭、福州等地的醫學院校和醫院進行了廣泛的調查研究。10月，考察團向羅氏基金會提交了「中國的醫學」的報告。報告指出應在中國辦醫學教育事業，開展長期、大範圍的醫學活動，並提出了援助醫學校和醫院的意見及辦法。羅氏基金會隨即於1914年12月11日成立了羅氏基金會的駐華醫社即中華醫學基金會，並任命格林為醫社的駐華代表。1915年，中華醫學基金會派遣第二個考察團來中國，對中國的醫學與醫學教育作進一步調查，並建議在北京和上海各辦一個醫學校。中華醫學基金會於1915年與倫敦會協商後達成了接辦協和醫學堂的協定，除原價購買該校原有房屋地皮設備等財產外，由中華醫學基金會負責該校的一切開支，並且著手改組協和醫學堂。1928年5月，羅氏基金會決定把中華醫學基金會改為社團組織，獨立於羅氏基金會，成為直接掌管協和醫學院的機構。為此，羅氏基金會於1928年撥款1千2百萬美元作為中華醫學基金會的基金，用於發展協和醫學院及基金會在華進行醫學教育活動。中華醫學基金會一直受羅氏基金會的直接控制，機構設在紐約，派一代表常駐北京。協和醫學院董事會主要由中華醫學基金會控制，校董事成員最初均為外國人，1926年始有中國人施肇基參加。1929年之後根據政府規定才有半數以上的國人充任董事，但董事會並無真正獨立權力，經費預算及高級領導人員聘用需經紐約方面批淮同意。由於上述機構之間常常出現矛盾，也影響了協和醫學院的發展。1942年初，協和醫學院被日軍佔領而被迫關閉，但中華醫學基金會仍一直為協和醫學院圖書館訂購所有外文有關科技期刊雜誌，並繼續支持內遷至成都辦學的護校。1945年日本投降後，中華醫學基金會與協和醫學院校董事會派代表從日軍手中收回全部校產，重建協和醫學院。除協和醫學院外，中華醫學基金會還對湘雅醫學院、國立中央大學醫學院、北京醫學專門學校、山東齊魯大學醫學院、上海聖約翰大學醫學院、香港大學醫學校、上海醫學院等學校給予過經濟資助。也援助過蕪湖總醫院、南京大學醫院、蘇州醫院、上海紅十字會總醫院等醫療機構。還支援了中國某些學校和醫院的人員到協和醫院或到國外進修的機會，通過贈予中國教會醫學會(博醫會)和中華醫學會經費，支援醫學名詞委員會統一醫學名詞、翻譯醫學文獻及出版工作。中華醫學基金會還支援過定縣的農村衛生事業和在周口店開展的古生物學研究工作等，可見中華醫學基金會已滲透到中國醫學事業的各個領域，對中國近代醫學教育和醫藥衛生事業有著重要的影響。