書院發展至南宋，進入了另一個高峰階段。南宋書院的盛行，和理學的發展密不可分。理學興起於北宋，著名的理學家有周敦頤、邵雍、張載、程顥、程頤等人，他們在致力理學研究與傳授時，尚未利用書院。到了南宋之後，理學家們紛紛創辦書院，進行講學。南宋初年，楊時、胡安國、胡宏等人將理學南傳，同時注重書院教學。楊時傳播理學時，就曾於常州的毗陵書院、無錫的昆陵、東林書院講學。紹興初年，胡安國、胡宏父子在湖南衡山傳授理學時，創立了碧泉書院、文定書院。南宋乾道(1165~1173年)、淳熙(1174~1189年)年間，理學大盛，理學家們四處創建、主持書院，傳播個人學術思想，茲將重要者整理如下：＊黃榦、李燔為朱熹的學生，可見朱熹以及門人在書院創建上頭功不可沒。宋寧宗慶元年間(1195-1200)，理學家因為涉入了政治紛爭，韓侂胄當政，斥道學(理學)為「偽學」，朱熹等人被視為逆黨，永不得任用。理學在一夕之間成為「偽學」，而遭到查禁，書院發展也同時遭遇阻礙。宋理宗年間，理學成為官方認定的學問，書院又再度興盛。根據學者朱漢民統計，理宗時期新建置的書院達到100多所，占南宋時期全部書院的2 / 3以上。理宗為了表達對書院的支持，積極為書院頒書賜額、委任山長以及學官，用以振興書院。