此一時期台灣各地地方性文化峰起，一方面是大坌坑文化分處各地之後，長期在地方發展的地方性適應，如中南部的繩紋紅陶文化，另一方面則是外來文化的移植，如圓山文化。此一時期的文化存在時間約分佈在距今4500—3500年前左右，早期分佈在沿海平原台地，距今4000年前以後沿著溪流向中游的丘陵山地地區遷徙。這些文化都具有繩紋陶器的特質，應是在大坌坑文化的基礎上逐漸演化而成的地方性文化。這些文化的陶器主要為紅褐色的繩紋陶器，質地較大坌坑的陶器細緻，樣式更為多樣化。石器形制較大坌坑的多樣且複雜，包括石斧、石鋤、石刀、網墜及箭簇等各種農耕、漁獵工具。出土的石器中，農具佔相當大比例，顯示當時的經濟中，農業所佔的重要地位。在許多遺跡中出土稻穀、小米的化石，推測可能已經是當時重要的農作物。另外，從遺址中出土的漁獵用石器和食物殘渣的遺留，如貝、鹿、狗、魚等，可知漁獵仍佔重要地位，是食物中蛋白質主要的來源。此外，此一時期的人類開始製作玉石、貝殼及陶質的裝飾品，在一些遺址中也有墓葬的遺跡出土，顯示具有宗教以及審美觀的需求。此一時期的遺址規模較大，面積較大的已經有十萬平方公尺以上，文化堆積層較厚，顯示史前人類在此地佔居的時間較長，已經是長期定居性的聚落。應屬部落社會的型態。圓山文化分佈在台灣東北部海岸和台北盆地中，以台北市圓山遺址為代表，存在年代約距今4000--2000年前左右。圓山遺址的埋藏相當豐富，目前尚有多處地點可見遺存，其中最著名的是所謂的貝塚遺址，這是史前人類食用貝類後，將貝殼丟棄成堆，而貝殼含有大量碳酸鈣的成分，有利於保存下各種有機質，所以貝塚成為考古學者進行研究的重要寶庫。圓山文化的特徵清楚易辨具有許多外來遺民的特質：一、器具方面：陶器質地含砂，以紅褐色的素面陶為主，器形以鼓腹圈足罐形器為主，不少陶罐帶有一對上下豎立的把手，有有蓋子或流口，雙口罐或三口罐更為獨特。石器中，有肩石斧以及有段石錛為其他新石器中期文化所少見。玉器的使用發達，有腕環及耳飾等。骨角器也十分多樣化，如鏃、矛頭、鑿、錐等最常見。二、喪葬方面：考古學家又在圓山貝塚中發現仰身直肢墓葬，顯示當時有將死者埋葬在貝塚中的習俗。三、居住方面：在遺址中發現鑽鑿在砂岩岩盤上的柱洞，柱洞是建築房柱埋入地下的基柱部分所形成的痕跡，雖然木柱已經腐朽無殘留，但是從柱洞的大小和整體格局上的分佈，仍可以推測過去所建的房屋型態。圓山文化的器物和生活形態上與前期的大坌坑文化有明顯的差異，考古學家推測他們並不是一系列的演化，而是一群自中國東南地區廣東省沿海、韓江流域一代移入的新移民。存在年代距今四千五百至三千五百年之間，又稱為「細繩紋陶文化」，也有學者按照各地代表遺址稱為「鳳鼻頭文化」、「牛稠子文化」、「牛罵頭文化」以及南部的「墾丁文化」，主要分台灣沿海低地與溪流台地，是台灣各個史前文化遺址中，在地域上分佈最廣的一支，此一文化類型應是在大坌坑文化的基礎上逐漸演化發展而來的，但也受到亞洲大陸東南沿海的文化的影響。此一文化類型所表現的一般特徵為：一、器具方面：陶器以夾砂細質的紅陶為主，手製而以陶輪整修。陶器外表部分素面，部分裝飾有較細緻的繩紋，主要施於頸部以下。形制多樣化，有罐、缽、盆、杯、盤、豆、細頸瓶、三實足鼎形器，另外還有紡織用的紡輪和裝飾用的陶環。石器主要有打製和磨製的斧鋤形器、磨製錛鑿形器、磨製矛鏃形器、磨製大形犁形器、磨製石刀、網墜等。也有出土玉器或是陶質裝飾品，展現史前人類的審美觀。二、喪葬方面：墾丁文化的遺址中挖掘出以珊瑚礁石灰岩拼湊出的石板棺墓葬以及陪葬品，體現史前人類的生死觀念。三、居住方面：鳳鼻頭遺址發現可能是干欄式長方形房屋的柱洞遺跡。