由於安南紛爭擴大，中國始對法國艦隊提高警戒。1883年底，清朝軍機處向沿岸各省發佈增強防衛的命令，以兩江總督左宗棠負責臺灣增兵事宜。翌年，法國輿論鼓吹佔領臺灣，清政府亦注意到此一動向。4月，李鴻章與法國代表交涉時，考量法軍攻打臺灣的可能性，打算儘速講和。顯示清朝官員中的主戰、主和派皆注意到臺灣所受到的軍事威脅。 波塔號（Volta）調查基隆的事件發生後，清廷以此為契機，嚴令閩浙總督何璟等人加強臺灣防務。李?福祿尼協定成立後，清廷仍一再告誡不得鬆懈。不久，中法關係因安南的北黎事件陷入緊張，6月，奉旨入京的劉銘傳被任命為福建巡撫銜督辦臺灣軍務大臣，赴臺籌辦防務。 向來臺灣的軍事部署偏重南部，劉銘傳抵臺後，隨即前往基隆視察，並分析當時情勢和臺灣防務，決定整體的臺灣防衛戰略。首先，臺灣缺乏與法軍抗衡的海軍力量，全賴陸軍作戰。因此，為了固守北臺灣，將大本營設在臺北。其次，將全臺防務分成數個區域，明訂職責所在。臺灣兵備道劉璈負責曾文溪到恆春的南路，臺灣鎮總兵萬國本負責曾文溪到大甲溪的中路，提督曹志忠負責大甲溪到蘇澳的北路，副將張兆連負責臺灣東部一帶，澎湖諸島由水師副將周善初負責。復次，在臺北、臺南設置軍需補給中心，在臺灣東部設海上轉運局，負責調度軍用物資。最後，劉銘傳號召當地臺人協防，向士紳募集資金，全臺設團練、漁團等組織。