早在12世紀初，牛津地區便設有學校，12世紀末，據說因為英國學生被巴黎大學拒絕而在此設立一所大學。牛津大學仿效巴黎大學，在初設之際，設有神學、法律、醫學和藝術等科系。早期牛津大學並沒有校舍，學生必須在租來的會堂與教堂裡上課；在創校初期，學生常與牛津市民發生衝突。在13世紀，在城鎮居民和大學裡的人(市鎮居民和學生)之間暴動，使開始有私人捐獻，協助興建校舍，因而有學院的出現，最早出現的學院有貝列爾學院(Balliol Colleges)，其名字來自其捐獻人John I de Balliol，John的父親是下一任的蘇格蘭王，另一個捐獻者同樣具有奠定牛津大學基礎貢獻的是默頓(Walter de Merton) 英國大法官及未來的主教，因此以其名命名的學院是默頓學院(Merton Colleges)。牛津早期研究的基礎放在神學與人文學科，但比起巴黎大學，牛津大學對待自然科學態度要來得開放。培根(Roger Bacon 1214~1294)離開巴黎後，曾在牛津進行科學實驗與講學。13世紀初期，英國王室頒發辦學許可證予牛津大學；15世紀時，牛津建立神學院；16世紀初，教授職位開始得到資助；17世紀後半，牛津大學對科學研究的興趣大大增強。文藝復興時期的伊拉斯謨斯(Desiderius Erasmus 1466~1536)將新學引入牛津大學，著名學者如莫爾(Thomas More)等人則進一步提高牛津大學的聲譽。20世紀，牛津大學的課程更加現代化，科學被當作專業學科並進一步得到重視。同時，牛津增設許多新的學系，其中包括現代語言系、政治系和經濟系；此外，牛津大學也擁有藏書豐富的博德利圖書館(Bodleian Library)與阿什莫爾藝術與考古學博物館(Ashmolean Museum of Art and Archaeology)。建立於1478年的牛津大學出版社，是世界上最大、也最具聲望的大學出版社之一