戊戌政變，是維新派的一次大失敗，對於康有為、梁啟超也是一次大打擊。政變發生後，梁啟超與康有為陸續逃離前往國外組織保皇黨，此時正在日本的孫中山，則希望能夠和康梁二人合作，想把革命維新二派結合起來，一起行動。於是開始有兩派合作的醞釀。八國聯軍期間，譚嗣同的知交唐才常趁機行動，分成政治與軍事兩方面。在政治方面，在上海成立了「國會」，推容閎為會長、嚴復為副會長，唐才常自己擔任總幹事，計畫組織「自立軍」。在軍事方面，則在長江流域一帶起兵。由於其勤王排滿的號召自相矛盾，再加上所利用之會黨不足以成大事，陸續遭到當時的湖廣總督張之洞所逮捕殺害，自立軍起事，終歸於失敗。自立軍起事的失敗，對於維新派來說，是第二次嚴重的打擊。部分維新派人士經過此一挫折後，陸續加入革命陣營，以實際行動否定了康梁的維新路線，而海外華僑對於路線的問題也發生重大的轉變，革命派與維新派的聲勢自此一事件後發生轉變，革命派勢力取得優勢。