清政府割讓台灣、澎湖的消息傳至台灣後，立即引起士紳與人民的反彈。在馬關條約簽訂後，台灣乃以「獨立」作為自救的手段。在台灣士紳的運作和部分內地官吏的幕後指使下，一八九五年五月二十五日，台灣宣布獨立，公推巡撫唐景崧為總統，丘逢甲為義勇統領，製作藍地黃虎國旗，定年號為「永清」，成立「台灣民主國」。然而，日軍登陸後，唐景崧、丘逢甲等相繼遁走，接下來的，則是以中南部士紳、鄉民和以劉永福為首的義軍為主，進行的抗日運動和游擊戰，開啟台灣抗日運動的緒端。台北淪陷後，中南部的抗日勢力逐漸形成，抗日中心轉移至台南，由劉永福出面領導。劉永福是清法戰爭中的名將，甲午戰爭後，清政府命其入台幫辦協防台灣。台灣民主國潰散後，劉永福成為領導台民抗日的主力。一八九五年七月四日，劉永福假台南府學成立議會，並加強行政與防務的部署。台南府城共分東、西、南、北、中五段防務，以黑旗軍為主力，加上生員吳湯興、徐驤等為首的義軍，以及台灣府知府黎景嵩等組成的新楚軍等，形成台南抗日政府。日軍底定台北後繼續南下，南進部隊首先在新竹城外遭遇義軍的激烈抵抗。義軍的組成主要是台灣民間自衛組織，義軍的主要領導人物有文武生員、鄉職人員、資產人士與綠林豪傑。當日軍佔領新竹後，義軍試圖奪回新竹城，其後，日軍繼續南進，遭遇頑強抵抗，日軍不得不重新思考攻擊方式，並請求增派兵力支援。隨後日軍與義軍在大嵙崁、三角湧等地發生激烈戰鬥，義軍重創日軍，而台北埤角也發生戰事。樺山資紀乃決心在台北至新竹之間，以大規模兵力鎮壓反抗，造成台灣居民極大傷害。八月六日，日軍第二師團抵台增援第一師團，八月八日，與義軍發生尖筆山保衛戰。八月十三日，日軍進攻苗栗。尖筆山保衛戰與苗栗之役，以吳湯興、徐驤、陳超亮、林學院、黃景雲、張照麟、邱國霖為首的桃竹苗的義軍結合奮力反抗。苗栗失守後，義軍勢力重挫，彰化地區的新楚軍代之而起，成為主要抗日勢力。