警察制度之外，後藤新平更利用清代臺灣的保甲制度，作為警察的輔助機關。1898年，臺灣總督府公佈「保甲條例」，規定每十戶為一甲，十甲為一保，甲設甲長，保立保正，由各戶戶長推舉，保正和甲長任期兩年，保甲全面實行連保連坐的責任，各地方政府則視情況制定保甲規約，徹底控制台灣人的日常生活。保甲的任務包括調查戶口、監視村莊出入者、搜查抗日者、自然災害警戒、傳染病預防、義務勞動、修橋鋪路、查察取締鴉片、蟲害及獸疫預防、召開保甲會議、徵收賦課款項等，因此，保甲除了是警察的輔助機關外，也是基層的行政輔助單位，甚至社會風俗的改革，保甲亦需配合執行。此外，他又設計讓17至47歲的男子組成壯丁團，地方內部保安事務由保甲負責，外部的事件則是由壯丁團負責，兩者相輔相成。在這樣的規定下，1901年樸子腳支廳發生襲擊事件，由於保甲連坐制度的關係，就被罰了1400圓；1907年北埔支廳發生襲擊事件，37名保甲民總共被罰了2420圓，當時自耕農一天的工資也不過18-35錢而已。