日本為宋元時期亞洲海外貿易的重要國家，此時日本正值村上天皇但至後村上天皇在位期間。宋元時期對日本的交通以海路為主，宋代是直接和日本進行貿易，元代則因元世祖兩度派兵征伐日本，所以兩國的外交關係並不好，但海外貿易仍然持續進行。宋元時期對日本的海外貿易，十分依賴季風，夏至後的七、八、九月利用西南季風前往日本，如果航行順利，只須一周就可以抵達。回航則利用十月、十一月的東北季風。貿易的主要港口，中國船隻從明州(元代改稱慶元，今寧波)出發，越過東海後，前往日本九州的博多灣(今福岡)進行貿易。宋代的貿易船隻到達博多後，日本方面由太宰府派遣府使、通事等人員前來接待。這些日本官員會要求中國商人交出公憑、人員名冊與貨物名目等，並將其轉交至京師，等待日本政府的核准。當日本政府同意貿易後，宋朝商人將被安置在博多的鴻臚館，並進行貿易。宋朝商人最常輸往日本的商品有絲綢、香藥、瓷器、文具、銅錢等，從日本攜回的商品有沙金、水銀、綿、絹、布、硫黃、木材以及各種工藝品(如水晶、琥珀、屏風、扇子、刀子等)，這些日本商品中，以日本扇與日本刀最受中國人民歡迎，許多宋朝文士都寫詩來稱讚之。歐陽修在〈日本刀歌〉中談到：「寶刀近出日本國，越賈得之滄海東。魚皮裝貼番木鞘，黃白閒雜?與銅。百金傳之好事手，佩服可以禳妖凶。」梅聖垂h在〈錢君倚學士日本刀〉一詩中歌頌道：「日本大刀色青熒，魚皮帖?沙點星。東胡腰鞘過滄海，點帆落越栖灣汀。」琉黃則是另一個重要貨物，不但可以用來做火藥，也是宋朝人常用的藥物。宋神宗元豐七年(西元1084年)，一次就從日本近口五十萬斤的琉黃。元朝建立後，為了征服日本，兩次派遣遠征軍攻打日本，不幸遭遇颶風，以失敗告終。此後雙方雖仍有海外貿易往來，但卻以日本船居多。日本商船有兩種，一種為如同海盜的倭寇，另一種則為天龍寺船。天龍寺船是經由日本幕府公許的商船，受到政府的保護，回航後得向政府負擔一定的義務做為報酬。因為航行安全，日本僧人前來中國，往往搭乘天龍寺船。元代輸往日本的商品，主要為唐錦、唐綾、茶葉、銅錢、香藥、文具等，當時因為日本境內流行佛教的禪宗，所以中國所製造的禪寺什器亦深受日本國人的喜愛。日本輸往中國的商品則以黃金、刀劍、硫黃、蒔繪、螺鈿、銅等為主。