十一世紀時，羅馬教會和君士坦丁堡教會因為長期的分裂與地域的隔閡，導致他們在禮拜儀式、教義解釋等方面產生了差異，因而在1054年正式分裂，前者通稱為羅馬公教，後者稱為希臘正教，這是基督教首次的大分裂。此後，羅馬教會統領西歐、北歐、中歐等地的教會，而與拜占庭帝國統轄下的君士坦丁堡教會各自發展。不久之後，為了收復聖地耶路撒冷與拯救拜占庭帝國，在教宗的號召之下，成立了十字軍（Crusades，1096-1291年），向回教徒宣戰。然而，多次的征伐失敗，早已讓教宗的顏面盡失，進而削弱了羅馬教會的聲望。十四、十五世紀間的教會內鬥，讓羅馬教會的統一與團結蒙上陰影。1305年，法國波爾多大主教（Archbishop of Bordeaux）在鮑尼法斯八世去逝後被選為教宗，稱為克力門五世（Clement Ⅴ），當時的法王竟將教廷遷往法國的亞威農（Avignon），教宗成為法王的禁臠，這段時期稱為「巴比倫之囚」（Babyeonian Captivity，1309-1377），教宗喪失了原有的歐洲領導地位，歐洲各國群起反對法國的獨斷獨行，但仍有近七十年的時間，教宗形同法王的附庸。一直到1377年，教宗格列哥里十一世（Gregory ⅩⅠ）排除萬難，終於重回羅馬，但法王屬下的樞機主教卻另選一位新教宗，與羅馬教廷相對立，彼此爭奪正統，形成教會的「大分裂」（The Great Schism，1378-1417）。雖然最後終於在神聖羅馬帝國皇帝的調解下，另外選舉新教宗，在西元1417年重新統一教會，但是，教宗始終無法恢復以前的威望與權力。