英國重新控制馬來亞後，原本計畫在此成立馬來聯盟(Malayan Union)，將馬來亞改為殖民地，然而遭受馬來人的反對，而發起馬來全國聯合組織(United Malays National Organization UMNO，亦稱巫統)，在雙方商量下，最後在1948年2月組成馬來亞聯邦(Federation of Malaya)，公民權只限於馬來人。同年以華人為主的共產黨叛亂，由於其恐怖份子形象使馬來亞也有其他華人並不贊該行動，而為了並避免造成馬來亞經濟上的危害，英國很快的鎮壓此組織，並鼓勵華人組成替代組織爭取權利，1949年2月陳禎祿 (Tan Cheng Lock)領導馬華公會(Malaysian Chinese Association MCA)成立，願意與馬來全國聯合組織合作，在不歧視其他民族的情況下達成獨立。在英國強烈表達退出殖民地的意願後，1957年8月31日馬來亞獨立，東姑阿都拉曼(Tunku Abdul Rahman)為第一任首相。新加坡則於1958年自治邦，然而外交事務交由英國與馬來聯邦主持的內部安全會議控制。1959年自治邦第一次國會議員選舉，由律師李光耀(Lee Kuan Yew)所領導的人民行動黨獲勝，李光耀成為新自治政府的總理。1961年東姑阿都拉曼提出和新加坡、北婆羅洲、汶萊與沙勞越合併的說法，在各方協調之下，除了汶萊以外，馬來亞、新加坡、沙巴(北婆羅洲)與沙勞越在1963年9月16日組成馬來西亞聯邦。在馬來西亞成立後，李光耀與東姑阿都拉曼的衝突卻越演越烈，東姑阿都拉曼決意要求新加坡離開馬來西亞聯邦，1965年8月9日新加坡脫離馬來西亞，成為一個獨立的國家。擁有豐富油田的汶萊(Brunei)由蘇丹統治，1959年英國讓其成為自治邦，英國只控制其國防與外交。1979年，英國與汶萊約定，五年作為過渡其獨立，1984年1月1日汶萊正式獨立，蘇丹自任總理。