1945年，日本投降，中日戰爭結束。國共兩黨經一連串談判後，確立了結束一黨專政、建立行憲政府等原則。惟國民黨內仍有分歧，特別是CC系不願中共分享政權，政學系則主張不妨遷就。至1946年國民黨召開六屆二中全會，遂決議如期召開國民大會，「還政於民」，並貫徹軍隊國家化。所謂還政於民，即不交給各黨各派；軍隊國家化，亦即中共不能擁有軍隊；國民政府委員仍由國民黨選任，亦即暫不放棄黨治。1946年底，制憲國民大會在國共兩黨且戰且談的局面中，如期召開。出席者除國民黨籍代表外，另有青年黨、民主社會黨（國家社會黨的改名），中共及民主同盟則拒不參加。1947年初，國共和談正式宣告破裂，國共內戰全面爆發。而同年11月國府辦理第一屆國民大會代表選舉，當選者多屬國民黨CC系份子，落選的青年黨、民社黨人有絕死抗議、以死相爭者。國民黨強令黨人退讓，又引發內部滋鬧。1948年3月，蔣介石當選行憲後第一任總統，但副總統的選舉競爭激烈，風波不小。在國民黨人熱衷內鬥的同時，共產黨部隊正馳聘中原。1948年4月，亦即第一屆國民大會第一次會議期間，眼見共產黨之革命頗有燎原之勢，已有不少國大代表擬議修改剛剛生效的憲法，擴大總統權力，以應付危局。但國民黨當局又恐擅修憲法，將失民心，遂決定在憲法後面附加條文，以《動員戡亂時期臨時條款》為名，宣告「動員戡亂期間」，就國家實施緊急權之程序給予特別之規定，不受《憲法》本文規定之限制。不過，1948年5月，行憲政府成立後，中國國民黨與政府的關係，與訓政時期相較，仍出現了若干變化。主要的差異為，訓政時期黨的領導階層亦是國民政府的領導階層，憲政時期黨的領導階層與政府領導階層則出現黨、政分離的現象。這種黨、政領導階層人事分離的現象，在蔣介石兼具國家及黨的領導人之情況下，仍能維持順暢運作。但是，1948年底，國軍精銳在徐州、蚌埠一帶，慘遭共軍擊潰殲滅。1949年元旦，蔣發佈文告，謂願與中共商談恢復和平方法，不計較個人進退出處，旋宣告下野，由副總統李宗仁代行職權。惟蔣仍具國民黨總裁身份。於是，黨內權力結構開始出現變化，李所領導的政府，與黨中央日漸隔閡，糾紛不斷。1949年4月，共軍大舉渡江；1950年3月，攻下國軍在大陸上的最後據點西昌。短短十一個月內，已席捲全中國。國民黨在此顛沛流離之際，曾相繼出現「非常委員會」、「總裁辦公室」等臨時性組織。非常委員會實際上取代了國民黨中常會，成為真正的權力機構。至於所謂總裁辦公室，則是蔣介石下野之後，已將活動重心由中國大陸轉移至臺灣，於1949年7月1日在台北成立該機構，執行中國國民黨總裁的職務。蔣雖不具總統職權，仍以總裁身份網羅智囊策士，擬議國民黨的黨務改造。1949年底，國民黨政府宣布遷往臺灣。代總統李宗仁滯美不歸。1950年1月，蔣介石自承以往疏忽黨務，作了「空名義總裁」，表示日後將多所關注黨務，一肩挑起重建黨基礎的責任。3月，蔣「復任」總統職，以陳誠為行政院長。嗣後，台北成為中華民國中央政府所在地。從某個角度來說，中國在中日戰爭結束後的短暫「憲政」實驗，亦告失敗了。