1927年夏天，蔣介石因徐州戰役的失利，通電下野，原先武漢的東征對象已經消失。於是，這時南京先集中兵力解決了南犯的孫傳芳主力6萬餘人，南京局勢得以穩定。1927年9月11日，在新桂系的主導下，寧漢雙方及多位國民黨元老在上海開會。武漢既經分共，西山派與汪精衛商定將武漢、上海、南京三個中央黨部合而為一。但新桂系連同國民黨內部的「西山會議派」，排斥了武漢的汪精衛，成立了一個由新桂系主導的「中國國民黨中央特別委員會」，同時因蔣介石與胡漢民皆對汪精衛不滿，故汪精衛被迫下野。不過中央特別委員會及新國民政府得以成立。汪精衛雖然下野，但仍然吩咐武漢方面的唐生智進行東征，與程潛共同成立反南京聯盟；同時還鼓動武漢的張發奎在廣州另立中央，以對抗新桂系。此時因張發奎所部南下廣東進攻共產黨武裝，以及程潛部移防湖南，武漢軍隊幾乎盡控制於唐生智之手，加之蔣介石，汪精衛先後下野。寧漢雙方的矛盾，已經由寧方蔣介石，漢方汪精衛之間的政治分歧演變成了控制南京實權的新桂系與控制武漢實權的唐生智之間的政治分歧。唐生智趁蔣下野，有聯合孫傳芳共取南京之說。1927年9月22日，唐生智以「武漢政治分會」的名義，宣布「護黨」，公開反對以新桂系為主導力量的中央特別委員會。並命令國民革命軍第三十六軍劉興部東進，與新桂系的第七軍夏夏威部爆發了前哨戰。新桂系隨之以「中央」名義出兵西進，進攻唐生智。10月20日，國民政府命李宗仁、程潛討伐，武漢的東征一變而為南京的西征，亦為國民黨內部的第一次互相殘殺。11月14日，西征軍佔領武漢，唐生智逃亡，以新桂系做作戰主力的南京國民政府取得了最後的勝利。