明代第四次禁毀書院行動，牽涉到了明朝末年的著名黨爭─「東林黨爭」，這次書院的毀禁浩劫和東林書院有關。明末士大夫顧憲成、高攀龍等人退居在野之後，回到家鄉無錫，重修了東林書院，並講學其中。東林書院創建於北宋政和元年(1111年)，為理學家楊時長期講學的場所。楊時是程顥與程頤的嫡傳弟子，所以東林書院逐漸聲名大噪。顧憲成在東林書院講學期間，曾為書院講會制定了會約，且講稿內容也被大量印刷，廣為流傳，因此吸引了許多讀書人前來東林書院講學，東林書院名氣大盛。顧憲成主張「學問不貴空談，而貴實行。」所以他們在講學期間，除了鑽研學問，往往議及時政，左右朝野視聽。於是越來越多的士大夫受到東林書院的吸引，成為書院的一份子。這些士人後來捲入了政治鬥爭，被對手稱作「東林黨人」。除了顧憲成、高攀龍之外，楊漣、左光斗也是著名的東林黨人。萬曆末期和熹宗天啟年間(1621-1627年)，東林黨人在朝廷中頗占優勢。後來宦官魏忠賢受熹宗寵信，逐漸掌控了明廷政柄。魏忠賢仗著皇帝的喜愛，多為不法，時人稱為「九千歲」，地位僅次於皇帝，所以沒有人敢冒著生命的危險與之對抗。相反的，許多東林黨人的政敵，紛紛投靠魏忠賢，形成了以魏忠賢為首的「閹黨」。明朝後期的黨爭，即是東林黨人與閹黨之間的政治鬥爭。天啟四年(1624年)，東林黨人楊漣、左光斗上疏彈劾魏忠賢諸多不法情事，遭到魏忠賢的怨恨。魏忠賢於是假借皇帝命令，將楊漣、左光斗下獄，施以酷刑，害死獄中。這一事件成為導火線，魏忠賢懷疑全天下所有的書院都是東林黨人的同伙，於是他下令毀廢東林書院，同時罷廢全國各地書院。東林書院首當其衝，受到嚴重的毀壞。到了天啟六年(1626年)，經過兩年的毀壞，東林書院成為一堆瓦礫。同時被毀壞的書院甚多，例如常熟縣虞山書院、西安府關中書院、吉水縣仁文書院、浮梁縣雙溪書院、樂平縣洎陽書院、休寧縣還古書院等。在魏忠賢主導下，明代書院遭到空前大浩劫，成為明代最大規模的毀廢書院行動。直到崇禎皇帝即位後，罷黜魏忠賢，全國各地書院才陸續得到修復與恢復。