達賴十四流亡至印度後，印度政府擇定北部的喜馬偕爾邦內的達蘭薩拉城（意為休息室），作為暫定處所，從亡諸人則分別安插於定居點墾荒，目前藏人聚居於上達蘭薩拉，下達蘭薩拉的居民多為印度人，噶廈隨即在上城運作，此後達蘭薩拉在中文語境中，成為西藏流亡政府的代名詞。1960年，達賴十四及噶廈隨員搬遷至達蘭薩拉後，於次年指示進行憲法草案的討論，1963年，頒布「西藏民主憲章草案」，議員因此產生，可是其選舉模式卻頗具爭議，直到1991年公布「流亡藏人憲章」，才決定地域和教派的議員組成。這雖是在達賴喇嘛指導下成形，但已施行多年也具規模。流亡政府的行政機關噶廈，由一位首席噶倫和七位以下的噶倫組成，早年成員多由達賴喇嘛直接任命，目前已轉為人民直接選舉；另外1992年，最高法院依照憲章成立。在達賴十四的努力下，流亡政府具有三權分立的運作型態。1959年3月10日，拉薩爆發抗暴運動，達賴十四出亡後，中共政府改變先前提出的「六年不改」方針，即於7月推動西藏的「民主改革」，針對寺廟與喇嘛，成立「民主管理委員會」，要求喇嘛學習馬列主義，沒收寺廟的土地。1960年11月，宣告土地改革的完成，倡言「百萬農奴翻身」，各地設有農業生產互助組及合作社，但毛澤東的大躍進政策，使得藏民吃不飽，班禪九世鑒此於1962年上萬言書，指斥現行政策的不當，慘遭批鬥，且遭幽囚。1965年9月，西藏自治區成立，次年爆發文化大革命，造成武鬥流血的混亂狀態，1968年9月，當地軍幹及紅衛兵兩方勢力聯合推派代表組成「西藏自治區革命委員會」，至1970年全藏71縣均有革委會的組織，成為西藏的黨政領導機構，1977年6月，改組恢復成「西藏自治區人民委員會」。另有監控民情及傳遞政治思想的「居委會」，通常藉由糧食作為控制城鎮居民的工具。1967年5月11日，「軍事管制委員會」成立，為了抵禦外國，所以全藏縣、區、公社、生產隊均有民兵組織，形成全民皆兵的景象。1966年9月，西藏爆發文革後，全面批鬥喇嘛與寺廟，產生許多的暴行，大昭寺的洗劫，甘丹寺的拆毀，或者佛像法器及經書的焚燬，都使得西藏的喇嘛人數及寺廟數量大幅萎縮，昔日西藏政府賴以存在的政教制度及社會基礎，已經蕩然無存。