清帝國消極治臺的政策也反映在行政區的劃分上，臺灣納入版圖後，設立臺灣府，隸屬於福建省，府之下僅設臺灣（今臺南一帶）、鳳山（今高屏地區）、諸羅（今臺南以北）三縣。其後雖然因為中國的漢人陸續來到臺灣，拓墾範圍持續擴張，因此在雍正、嘉慶年間陸續增設縣、廳，從原先的一府三縣增至一府四縣三廳。但顯見臺灣行政區的規劃是政府受到人民積極拓墾、民變等外力之影響，而非政府積極主動設計之成果。此外，清領初期臺灣文武官員的任用亦相當特殊。凡是調往臺灣任職的文官或武員皆禁止攜帶家眷赴任，且任期甚短，僅定以二至三年便轉陞內地，不得續任。清朝為避免駐臺的軍隊成為中央不易節制的邊陲勢力，甚至發生動亂，因此規定駐臺的兵員均由福建省綠營中抽派，編整成軍，臨時再派遣武官至臺指揮，而且每三年就調回內地歸建。同時，來臺的官兵必須有家眷、有恆產，凡亡命之徒不得入選，但亦禁止派遣至臺的官兵攜眷。兵丁出缺也不准在臺就地徵補，以避免駐軍作亂。另外，為避免城垣成為叛軍的堡壘，清初臺灣的府、縣行政中心均不許築城。因此臺灣縣直至1723年朱一貴之役後才開始創建木柵以代城垣。至於磚城，則直至乾隆末年林爽文事件後，才開始興築。最後，清廷亦厲行「畫界封山」政策，不允許在臺居住的漢人深入山地，以避免漢人與原住民發生衝突，以及漢人入山圖謀不軌。