劉國軒退守臺灣後，人心惶惶，馮錫範令嚴守鹿耳門，並禁軍民越出村落。之後克塽大會文武商議戰守之策，建威中鎮黃良驥等議取呂宋，但未有結論。而施琅則遣劉國軒舊部至臺招撫，許保題劉國軒為總兵，劉國軒遂啟奏鄭克塽，派禮官赴澎湖議降。馮錫範雖不贊同，無奈劉國軒軍權在握，劉國軒更將本擬攻取呂宋的舟師調離，並派兵監守鄭氏子姪親疏，恐其脫漏遺禍將來。一切就緒後便派人至澎湖請降，以削髮稱臣、世守臺灣為請，然施琅不允，認為必將人民、土地併入版圖，各官兵悉尊清廷安輯。鄭克塽不得已，再度派人遞交降表，於9月6日至澎湖求見施琅，獻出延平王及招討大將軍金印各一、將軍銀印五，以及土地戶口府庫實冊籍等請降。明宗室寧靖王朱術桂和五姬妾，聞鄭克塽降清，均自縊而死，為明室盡節。