鄭氏內部每逢政權轉移時，便會有內鬥的情形出現。鄭成功於1661年東征臺灣時，派其子鄭經留守廈門，1662領有臺灣不久後即病逝，鄭經仍於廈門留守。臺灣方面黃昭與蕭拱辰聯合擁立鄭成功之弟鄭襲繼承王位。鄭經獲悉臺灣生變，迅速率軍東征臺灣，最後黃昭和蕭拱辰遭斬首，鄭經繼承王位。鄭經平內亂後，將臺灣交由嚴望忠鎮守，臺灣南、北部之軍事交給黃安指揮，而自行率領周全斌、陳永華和馮錫範等一批人回廈門以為清軍之來襲預作籌防。1663年11月，清帝國與荷蘭聯合出擊金門與廈門，結果雙方損失慘重，鄭氏之喪失金、廈之地，退守銅山，宿降如周全斌、黃廷等皆降清。1664年，鄭經退守東都。鄭經過世後，鄭氏政權內部又爆發一場更激烈的內訌。此源於監國而有能名之長子克臧在理論上應承繼大位，但仍然釀出骨肉離間的情事，加之權臣爭勢不相和協，克臧終至橫死，由次子克塽承其後。據說克臧當時雖僅弱冠之齡，但行事卻剛毅而果斷，作風頗似鄭成功，鄭經特加愛惜，甚至在鄭經西征中國時，即命克臧為監國。克臧監國期間，行事公正、賞罰分明，即使親人近臣有過也未能寬恕，由是引起宗族多怨之。加以鄭克臧娶諮議參軍陳永華之女為妻，在治理上也有陳永華為諮詢。然而陳永華與鄭經相繼去世，克臧陷於孤立，鄭經諸弟更揚言克臧非鄭家骨肉反對其繼位，並以母董氏為後援，推馮錫範為謀主，強制收繳監國印信，鄭經諸弟更起而撻伐之，董氏最後更下令命幽禁克臧。克臧自知不能生存，乃自縊而死，由其年僅12歲之弟（馮錫範女婿）克塽繼位。