商民運動隨著北伐戰事而推進發展，但國民黨對於商人的動員力仍低，商民協會的掛名領袖常是舊商會領袖兼任，有的商民協會則是在舊商會的基礎上改組而成，因此被人認為是「空有商民協會之名，而沒有革命商民團體之實。」加上由共產黨領導的工人運動的快速進展，商界利益受到衝擊，使商民協會與工會間的衝突不斷增大，變成商會與商民協會合作對抗工會的狀況。在此環境中，商民運動基本上已經失去其原有的打倒軍閥與帝國主義的「革民動員精神」。而在代商界向政府陳情的功能上，由於商會有長年累績的政界人脈，無疑要比商民協會強得多。到後來，失去運動主軸的商民協會除了應付對商民政治宣傳的事務外，基本上沒有其他的表現，而成為一個無目標、無經費、無人員的「三無」運動。商民運動是以黨辦商民協會作為商人團體，藉以動員商民，改革舊商會，並試圖代替所有商會所擔負的職能。但中共介入商民運動之後，卻將許多商會視為打擊的重點，造成商界的不安與反感。而商會與商民協會衝突的背後，除了商人間的利益衝突之外，更摻雜許多地方黨部與政府之間的糾葛，使得中央商民部在商會存廢問題上，立場相當為難。雖然1928年7月通過的《民眾團體的組織原則及系統》條例，規定商會與商民協會並存，前者由政府管理，後者歸黨部管理，但是不但不能解決商會與商民協會之間的衝突，反倒使雙方形同水火。商民協會為保持其地位起見，要求取消舊商會，以統一商民運動，更使地方的黨商關係惡化，引發國民黨1929年於南京召開第三次全國代表大會時，以上海中心，爆發商會與商民協會的集體對峙，互指對方為反革命，使糾紛走向暴力化。最後南京政府在財政與經濟的多方考量下，提前頒布商會法，確立商會的合法地位。而早已喪失功能並需中央補助活動經費的商民協會在完成北伐後，再沒有存續之必要，只能就此解散。