西班牙與葡萄牙的歐洲殖民者來到新大陸，卻帶來疾病的蔓延，如天花、麻疹和流行性感冒等。這些疾病對沒有免疫力的印第安人造成致命的危險。據估計，1519－1650年間，中美洲有七分之六的印第安人因此喪生。中美洲及巴西的印第安人人口銳減，種植園的主人為了解決勞動力的問題，引進非洲的黑人作為奴隸。從16世紀到19世紀，大約300年間，自西非出售到西班牙美洲的奴隸達300萬人，出售到巴西的奴隸達500萬人。這些黑奴很快在中美洲和巴西的種植園中成為主要的勞動力，也成為殖民社會裡重要的人種之一。在中南美洲的殖民社會裡，除了歐洲人、印第安人和黑人以外，由於歐洲人與印第安人通婚，黑人與歐洲人及印第安人混居，因此產生許多混血人種，如白人與印度安人的混血、白人與黑人的混血，還有白人、黑人和印第安人混血後裔相結合而產生的其他許多種族類型。這些人種在殖民社會的地位是有差別的，膚色是其決定因素，而即使是白種人之間也有階級區別。殖民地的社會階級中地位最高的是歐洲大陸出身的白人，稱為「半島人」(Peninsulars)，他們自認比美洲出生的白人更加優越。半島人享有政治權力，通常在政府中占有高位。其次是當地出身的白人，稱為「克里奧爾人」(Creoles)，他們擁有經濟特權，但在政治上受制於「半島人」。在1800 年，他們的人口十倍於「半島人」。接下來是「麥斯提佐人」(Mestizos)，他們是歐洲人與印第安人的混血種，在政治和經濟上遭受歧視，但人口卻是「克里奧爾人」的兩倍。在殖民社會最下層的是印第安人和非洲黑人，他們占全拉丁美洲人口的二分之一以上，卻生活在奴役或半奴役的狀態。歐洲出生的半島人幾乎控制整個拉丁美洲的政治、軍事和教會的高級職位。在西屬美洲170名總督中，只有4名是克里奧爾人，他們都是西班牙官員的後代。602名都督、地方行政長官和省長中，只有14名是克里奧爾人；606名主教和大主教中，只有105名出生在新大陸。克里奧爾人多是地主、種植園主人或是企業家，但是他們的經濟活動卻遭受重商主義的限制。印第安人最初是殖民者依賴的勞力來源。西班牙起初在土地制度方面採委託監護制(encomienda)，即讓征服者負責照管被分配的印第安村落，村民必須以實物向監護人納貢，並提供勞役。但在實行上，印第安人經常遭受殘酷的虐待。後來，印第安人受法案保障，解除委託監護制中必須負擔的勞役。但是這麼一來，種植園缺乏勞力，於是西班牙又設計出分派勞役制(repartimiento)，強制每ㄧ村每週必須依其人口數的一定比例，提供勞工，但可輪流替換，並有工資。這似乎讓印第安人有較好的待遇，但是種植園主卻仍對印第安人暴虐相向。西班牙王室為了避免土地擁有者擴大勢力，明令禁止奴役印第安人，並且立法保障印第安人的權利，但種植園的主人最後卻發展出債役雇農制(peonage)。那就是種植園主向印第安人提供欺騙性的友好貸款，要求用勞務償還，但是這些勞務所獲得的工資極低，永遠不足以還清債務。父輩的債務傳給兒子，使得印第安人世世代代為其勞動。另外，在祕魯總督轄區，西班牙人在波托西礦區設計了負擔沉重的米塔制(mita)。這是一種特殊的分派勞役制。每7年中，祕魯安第斯山的成年男性印第安人必須在米塔制下服役1年。這些印第安礦工遠離家鄉，在最危險的工作條件下勞動，所得的工資不到他本人和家庭開支的一半。因此，家人也必須參與勞動才能彌補生活費用的不足。至於黑人，作為奴隸，他們常常以逃跑、造反及殺死主人等方式來反抗他們被奴役的生活。許多黑人婦女甚至以流產的方式，避免讓其後代在如此恐怖的環境下生存。