當時書院雖有正面積極之傳承文化上的教育功能，但是為配合科舉考試，早期教學、課試仍多以「八股」為主。八股文是明清兩代考試使用的一種文體。八股文之命題，必從《倫語》、《孟子》、《大學》、《中庸》四書中命題，故八股文又稱「四書文」、「四書義」，有時又稱「制藝」、「時藝」、「八比文」。八股文之體，必須有破題二句、承題三四句、起講十句，後有領題兩三句作為開端，而後才是正式八股。起二股如人之頂與面，每股約四五句至七八句，主要在題前著筆，文章末有出題；中股如人之心與背，進一步搜剔題中正反之理，長度可長短於起二股，結束後有過接；後二股如人之足與影，可針對主題暢所欲言，每股為十至二十句，結束有落下；末二小股揭醒全篇文章並加以結束，每股二至四句。當中之出題、過接、落下為散文數句，主要在點醒文義，使文章串連流暢。除八股文外，書院講學重點，還有科舉考試中的「試帖詩」。基本上，試帖詩的題目必須要有出處，或用經史子集內之句子，或用前人詩句，其他詠古、詠物、言情、言景、天文、地理、草木、蟲魚等有出處者，皆可為題。試帖詩之文體，與古近體詩不同。試帖詩受聲韻限制束縛，語要莊重風雅，不可氾濫離題，凡用字輕佻、豔語談情、諷刺時政，皆在禁止之列。詩內不許重字，五言八韻文體單句不用韻，雙句必用韻。作法為首聯為點題（出題），可直韻題事或借端引起，全題重點於此可見，三聯以後不可以再見題。首聯、末聯可以不對仗，中間數聯皆須對仗工穩，末聯往往就題意作頌揚。其結構佈局類似八股。首聯為破題、次聯為承題，三聯開始如起二股，四五聯如中二股，六七聯如後二股，末聯如末二小股，由淺入深由虛而實，全文作法如八股文之神韻。由於八股文與試帖詩之僵化與不合實用，故自光緒末年起，中國大陸之書院教學慢慢以經義策論取代。但當時臺灣已割讓日本，這股書院教育之改革，不僅緩不濟急且為時已晚。