清領時期臺灣書院的主要功能，正如乾隆元年（1736年）清廷諭旨所說：「書院之制，所以導進人材，廣學校所不及。」換句話說，書院的功能主要在彌補正式學校教育之不足。清領時期臺灣各地的正式學校-府州縣學（通稱儒學），主要之功能，除象徵的祭孔外，多以準備科考為主。換言之，儒學的目的在考課而非上課，性質也從學校變成教育行政機構。故其遺留下來之教育功能，慢慢由書院來取代。當時清領時期臺灣的書院大體可分為：一、以講理學為主的書院；二、準備科舉考試的書院；三、以博習經史詞章為主的書院。其中理學係指從宋明以來流行不衰的程朱之學。經史詞章則以古經（十三經）、古史，乃至小學、天文地理均屬之。換句話說，當時臺灣書院之教育，基本上雖以準備科舉考試的八股文與試帖詩為主。但有些書院則在此之外，講學內容還包括理學與經論詞章等。當時書院之教育功能，除一般課堂上之言教外，還包括身教之積極意義。如書院開館時，地方行政首長率教官至孔廟三跪九叩，後由院長率生童行相同之禮。禮畢，由院長領生童迎地方首長於書院頭門，然後在大廳行官拜師、生拜師、師拜官、生拜官之禮。又如書院講課有其「開講式」，講課前先守習禮儀，講課後附以默坐，使生童潛思反省。此外，書院之教育，著重在「明倫知禮」。明倫，即明白人與人之間相處的行為規範，使讀書人具備倫理觀念；知禮，即用禮節之方法達到明倫之目的。清領時期臺灣書院的另一大教育功能，一則為啟蒙教育，一為特殊教育。以啟蒙教育而言，當時許多書院主要以收留貧困無力唸書之學童為主。較一般準備科舉之書院，入學資格沒有嚴格限制，教學內容也僅限於初級的啟蒙文章而已。早期康熙年間之西定坊書院、鎮北坊書院、竹溪書院均屬之。後由義學改為書院者，一樣具有類似功能，如南投藍田書院、登瀛書院等均是。另從特殊教育來看，當時清雍正皇帝鑑於福建、廣東兩省舉人鄉音特重，為推廣政令、促進溝通起見，特別於各地，包括臺灣臺南、諸羅、鳳山、彰化等地設立正音書院，以教授官音為主。此外，另有於日月潭為教化原住民族設立之正心書院。當時皆發揮一定之教育成果。