馬雅文明在最早期時只有自然崇拜，沒有宗教的組織與儀典。隨著農業發展，學者認為大約在西元前3世紀時，宗教體系開始建立，負責宗教事務的祭司集團形成。他們發展出繁複的儀式、神秘高深的義理，高明準確的曆法與精妙難解的象形文字。結果，馬雅宗教愈來愈複雜化與形式化，人民在宗教高度虔敬的心態下，將人力、物力、精力投諸到高聳雄偉的金字塔神廟等巨型建築裡，受到人民敬畏與供養的祭司集團組織嚴密，扮演天文學家、數學家、預言先知、儀式掌控者的角色。對整個馬雅文明而言可以這麼說，若沒有祭司集團的話，馬雅文明將黯然失色，可見宗教在其文明的重要性。一般認為，自前古典時期以來，馬雅人便極端崇拜宗教，經常舉行宗教慶典與儀式，人民百姓奉獻自己的農產品收穫，而馬雅城邦國王貴族們要用鰩魚脊骨刺穿自己身體的重要部位，如手指、鼻子、舌頭、大腿、生殖器許多地方，用流出來的鮮血獻祭神明，國王貴族們的墳墓中也常見刺血的鰩魚脊骨與玉石珍寶一起當做貴重的陪葬品，可見馬雅宗教儀式的重要地位。這種情況到馬雅後古典時期發生改變，可能是受到托爾特克文明影響，殺人剖心獻祭的儀式型態愈來愈受到重視，甚至以為殺人愈多，流血愈多，愈是祭典隆重的象徵。此種祭祀活動產生出一種儀式性球賽，選手戴著頭冠、穿著華麗、配戴護具參加比賽，不能用手，只能用手肘、腰臀等處碰球，將約3-4公斤重的橡膠球擊中場邊圓形球環並穿過以求勝利，傳言戰敗者必須接受被剖心祭神的命運。不過，也有人認為這種球類活動是今日最受歡迎的球類活動—籃球的起源。馬雅人虔信宗教，神明甚多，到後古典期時，不僅大型神廟多，球場多，甚至家家戶戶還拜私人小偶像，其中包含各種動物或昆蟲也做成塑像來朝拜。不過最重要的神明約有10位，祂們的顯赫地位是無可取代的。首先，天神伊札姆納有龍型的身軀，祂是天地的創造者，但也是毀滅者。在馬雅神話中，馬雅人認為世界曾經毀滅好幾次，每次都是伊札姆納的滔天洪水造成的結果。祂在僅存的經卷中出現103次，它代表的日期是Ahau，代表著主宰，是馬雅20天周期最重要的一天，可見祂在神界的至高地位。祂既是宇宙生死之神，因此也是人間王權之神，是馬雅各城邦國王世系不絕的保護神，老王駕崩要回到伊札姆納龍口中，新王要接受伊札姆納的恩寵儀式，才能掌握絕對的權威。玉米神于姆卡許（Yum Kax）是馬雅農民的神化崇拜，祂非常親切，也最具人間情趣，形象清秀年輕，會以玉米當頭飾，和農民一樣只用腰布圍身，沒穿上衣，是個勤儉的神，也是森林之神。祂在經卷中出現98次，場合多變，若與雨神同在，表示庇祐，與死神相對，則表示激烈鬥爭。北極星神夏曼艾克（Xaman Ek）有著扁平的鼻子，祂的頭像有點像猴子。馬雅人稱北極星是指路星，與人世關係密切。祂被視為商人的保護神，但旅客、戰士、學者也都崇拜祂，因為祂還能啟迪智慧、消災除邪，所以是位好神，馬雅曆法的Chuen這天由祂保佑。在馬雅惡神中，以死神阿普切（Ah Puch）為首。因為有生也有死，所以死神是天神伊札姆納的助手，祂有可怕的形象，骷髏頭、無肉的肋骨、多刺的脊柱，衣服上有黑圈圈代表腐爛。祂的保護日是Cimi。與祂經常一同出現的是黑戰神艾克曲瓦（Ek Chuah），下唇肥大下垂，嘴外圈著紅棕色，黑圈的眼睛，，拿著箭矢槍矛射向人間，沉重黝黑的形象代表戰爭的恐怖。另外與死神同在的還有戰爭、暴死、人祭神，祂也有用黑線塗框的眼圈，一手有著毀滅之火，一手緊握著，好似抓獲俘虜與祭祀人牲要殺人取心。祂的保護日是第11日的Manik。大地女神伊希切爾（Ixchel）與洪水、紡織、懷孕、月亮有關，祂不像其他古文明中大地女神豐滿慈愛的形象，而是一個怒氣沖沖的老太婆，滿嘴無牙，腳帶鷹爪，頭上有扭曲的毒蛇，裙子上有交叉的骨頭排列，手中的小瓶子盛滿洪水，若一傾倒，人類將深受水災之苦。祂是天神伊札姆納的配偶，也代表月亮，祂掌管紡織，似乎又具有創造發明的正面地位。馬雅最特別的女神是自殺女神伊希塔布（Ixtab），祂有著誇張的胸乳，雙眼緊閉，代表死亡，臉頰上有黑點，代表著腐爛，祂的屍身死亡了，但靈魂被天堂下垂的繩索絞套著。中美洲墨西哥地區各民族普遍崇拜雨蛇神，本馬雅地區不太盛行，但到了後古典時期，馬雅文明受到托爾特克文明影響，且重心遷往猶加敦半島地區，當地沒有河流，從天而降的雨水極為重要。而雨蛇神庫庫爾坎（Kukulcan）帶來雨季，與播種、收穫和五穀豐登有關，日益受到尊崇，在後古典時期最重要的城市奇琴?伊察就有雨蛇神的金字塔神殿，巨蛇頭形可映照春分、秋分的光影。在此種情勢下，雨神恰克（Chac）後來居上，是風神、雷電神、豐產神、農業神，成為最重要的保護神。祂有尖尖的鼻子，彎取的長獠牙一前一後伸出，頭飾是一個打結的箍帶，又有紅白黑黃四種面相和色彩，代表天下四方，為人民帶來雨水，是生命與創造的善神，在現存經典中出現218次，是Ik這一天的保護神。和雨神一同出現的是風神，祂為雨神清掃道路，是Muluc這一天的保護神。