西元9世紀，整個馬雅文明突然陷入普遍的衰落之中，古典時期的文明中心中央低地區，不僅小邦無法維繫，連大邦蒂卡爾、帕連克等盟主大邦也突告衰落，城市建設、神廟、民居等建築幾乎都停止，紀念碑也不再刻製，許多城市人民放棄城市生活，遁居叢林，很快地，高度的文明消逝在旺盛生長的熱帶雨林中。古典時期馬雅文明的衰微原因有火山爆發、地震颶風、瘟疫流行、環境惡化、人民反抗…許多說法，眾說紛紜，迄今尚無較確切的結論。以中央低地區為主的古典時期的馬雅結束了，但位於猶加敦半島北部平原區逐漸興起一些新的城邦，形成馬雅後古典時期文明，不過，其表現不如古典時期耀眼光輝。而新興的馬雅城邦文明表現中，學者研究發現，有來自墨西哥的托爾特克人(Toltec)的種族血統與文明內涵加入。當中央低地區馬雅古典文明衰微時，猶加敦半島的馬雅人與來自墨西哥的其他印地安民族混血融合，形成一個新的馬雅族系—蒲冬(Putun)馬雅人，他們的語言文化仍以馬雅為主，勇敢善戰，擅長貿易，逐漸興起。此時中央低地區古典文明城市衰微，有些城邦的貴族(如蒂卡爾)向北遷移，與蒲冬馬雅人交流融合。此外，墨西哥的托爾特克人的遷徙融入更重要。墨西哥托爾特克人原本建有圖拉城(Tula) ，擅長建築、石雕與繪畫藝術。崇拜雨蛇神魁札爾科亞特爾(Quetzalcoatl)，主持儀式的祭司也稱此名，統治此城邦。托爾特克人不是統一的部族，有其他游牧民族不斷移入，後來武士階級日漸壯大，圖拉城邦發生嚴重內戕，境外的游牧民族也趁機興起，托爾特克文明因而崩潰。有一部分托爾特克人民遷徙到猶加敦半島，對馬雅後古典文明影響頗巨。蒲冬馬雅人在猶加敦半島平原區建立幾個重要城市，其中最著名的是奇琴?伊察 (Chichen Itza) 、烏斯馬爾(Uxmal) 、馬雅潘(Mayapan) 、土倫(Tulum)等。通常歷史學者將此地區於西元900年至16世紀西班牙人來到的這一階段歷史發展，稱為馬雅後古典時期。此時期儘管也有華麗雅緻的階梯式金字塔建設，但已沒有古典時期的宏偉規模和渾厚氣勢，也沒有再刻製大型紀念石碑，浮雕壁畫、陶器製作、象形文字與有關學術的研究似乎停滯了，甚至是退步了，所以，馬雅後古典時期一般認為表現較古典時期遜色不少。後古典時期的城邦在爭戰中已消耗許多活力，文明日益衰敗，而西班牙航海者的來到與征服，徒留馬雅遺跡讓後人憑弔與探查。奇琴?伊察這座城市早在前古典時期已有馬雅人居住，並興建各種廳殿建築，10世紀以後，伊察人(Itza，托爾特克人的一支)入侵，再建立大金字塔、戰士殿、球場、天文台等大型建築，使此城集合托爾特克與馬雅兩種古文明於一身，成為馬雅後古典時期最燦爛的一顆明珠。因猶加敦半島北部極少下雨，當地居民必須仰賴石灰岩地殼底下的天然水井獲取飲水，故「奇琴?伊察」正是因這口水井而得名，以馬雅語發音，Chi是「口」，Chen是「井」，故「Chichen-Itza」就是「伊察人的井口」，曾傳言為取悅神明，此井是以貞節少女、金銀珠寶犧牲獻祭的聖地，但現今深入井底考古勘查，並未發現很多少女骸骨，因此傳言是否屬實，有待證明。另外，戰士殿具有托爾特克文明特色，前有一些倒臥雕像叫?查克穆爾斯 (Chzc-mools)? ，其腹部位置被認為是當人牲祭祀時擺放心臟之用。根據馬雅人傳說，西元987年，伊察人來自於飛蛇之鄉，首領留有大鬍子，是雨蛇神魁札爾科亞特爾(Quetzalcoatl)祭司，也是部族英雄，名叫庫庫爾坎(Kukulcan) ，帶領族人入侵，佔領猶加敦半島北部各城邦，以奇琴?伊察為中心，與烏斯馬爾、馬雅潘建立三城聯盟，使馬雅古文明獲得復興機會，興盛期約200年。到西元1221年，奇琴?伊察衰落，馬雅潘領袖胡納賽爾(Hunac Ceal)崛起，使馬雅潘貴族家族繼起領導200年。至1441年，有一個名叫阿叔潘(Ah Xupan)的勇士聯合地方市鎮推翻馬雅潘統治，將各市鎮統治權歸還各地酋長，此後馬雅自由城邦興起，不再興建大型金字塔、神殿，甚至互相來往道路也日漸破敗，馬雅後古典文明時期因此宣告結束。