明清時期的江南仍然是全國農業經濟最發達的地區。由於精耕細作技術的發展和施肥量的明顯增加，以及普遍推廣稻麥複種一年兩熟制，本時期糧食單位面積產量有較大增長。和宋元一樣，江南也是明清政府財政所倚重的地區。本時期江南農業的一個重要趨向是多種經營和商品生產的發展。在充分利用各地不同自然條件的自然資源基礎上，形成農業生產的不同類型。如江南平原沿江沿海高地為棉—稻產區，太湖南部低地為桑—稻產區，太湖北部為水稻產區，浙西山地則發展了茶、竹、木的種植，自東西海上交通發展以後，茶葉更成為外銷的大宗貨物。明初的江南特別重視經濟作物的增產，這不但可以增加農民的收入，也為工業生產提供了必要的原料。明中葉以後，一些地方已由種糧為主轉為經營獲利較豐的經濟作物為主。大體言之，江浙是蠶桑區，湖州有種桑至數萬株者，而棉花則跟著中國紡織手工業的發達，而逐漸普遍種植起來。此外，染料作物、蔗田、煙草、烏柏（可榨油）、果樹、蔬屬、席草等經濟作物亦有大規模種植的趨勢。與此同時，糧食生產停滯不前，民食不得不在很大程度上依靠「客米」供應。江南農業的這種發展提高了農業商品化的程度，使自然資源獲得更為合理和充分的利用。