西醫東漸後，對中醫學最具深遠意義的影響，莫過於中醫教育的改變，其他方面的改變莫不以此為根源。中醫教育改變最大的是，出現了受西醫教育模式的影響而形成的中醫基礎學科體系。由於西醫西藥在外科、傳染病等方面頗有效果，以及完整的醫學理論，加以習西醫的中國人漸多，遂對中醫產生輕視的心理，甚而愈演愈烈。中醫界的一些人士認為中醫與西醫相比較下，中醫無學校教育，也無考試甄選醫生，是中醫落後於西醫之一大原因，故欲整頓醫學，莫善於開醫校、考醫生二者。但1912年發生的「教育系統漏列中醫案」卻給了中醫界沉重的打擊。為爭取中醫教育列入學校系統之內，1913年上海神州醫藥總會聯合全國19個省市的醫藥團體組成「醫藥救亡請願團」，懇請北洋政府「准予另設中醫藥專門學校」，但政府確認為中醫學之現狀不符合新式教學大綱、教材統一，教學內容系統而有條理，教學方法循序漸進等西方教育模式的一般要求，不能立案。在當時的歷史條件下，如何儘快建立起科學、系統、條理的學科體系是中醫的當務之急，因而只好向符合「科學」標準的西醫學靠攏，以避免滅亡危機。