中古初期，猶太人雖是基督教社會的化外之民，遭受排斥與打壓，但大抵是小規模、區域化、個別性的案例，真正大規模的迫害是從11世紀末開始的十字軍東征。十字軍東征的目標是耶路撒冷的回教徒，但在遠征之前，他們想到殺害耶穌的兇手，猶太人異教徒就在眼前，何必捨近求遠，應該先殺了猶太人。於是十字軍所到之處，猶太人慘遭劫掠與屠殺。14世紀中葉，歐洲突然出現黑死病，奪去了歐洲三分之一至二分之一的人口。驚慌失措的人們迫切尋找災難的起因，基督徒們認為是猶太人在水井中下毒，導致黑死病的蔓延。1348年底，歐洲各地的猶太人幾乎都面臨嚴刑逼供、屈打成招的迫害，結果不是活活被燒死、打死，就是被永久驅逐。中世紀的歐洲對猶太人的迫害，除了指控其為黑死病的元兇外，尚有更荒謬的欲加之罪。當時盛傳猶太人每年必須殺害基督徒的兒童，以其鮮血烘焙麵餅作為獻祭。猶太人關於飲食的律法是禁止血食的，且西元前6世紀「巴比倫之囚」後，已不再以牲禮獻祭，但只要一發生「血祭」案件，當地的猶太人即以嫌疑犯的罪名被捕受審，施以嚴刑拷打，直到他們承認殺人祭神的罪名為止，再判處嚴厲刑罰。除了「血祭誹謗」外，中世紀還流傳一個謠言，指稱猶太人以褻瀆聖餅的方式折磨、淩虐耶穌的肉體。「聖餅」在基督徒的心目中有著極為崇高的地位，因為《新約》的福音書中記載，耶穌在受難前夕和門徒共進最後的晚餐，耶穌拿起餅來，遞給門徒吃，說餅是他的身體。又拿起葡萄酒，遞給門徒喝，說這是他的血。因此，基督徒都深切相信耶穌的「肉體」和「鮮血」轉化成聖餐中的「麵餅」和「葡萄酒」。但猶太人卻被指控用尖刀刺穿、抽打、敲擊或燒烤、搗爛麵餅，如同對十字架上耶穌的肉體，施以折磨與摧殘。這令基督徒無法容忍，群起攻擊、洗劫，屠殺猶太人的社區。然而猶太人始終拒絕承認耶穌就是彌賽亞，更遑論相信「麵餅」是耶穌的肉體或「葡萄酒」是耶穌的鮮血等觀念，顯然褻瀆聖餅的指控全屬捏造。基於宗教、政治、經濟、種族乃至於天災人禍，皆成了西歐中世紀中晚期驅逐猶太人的理由。英格蘭國王愛德華一世(Edward I，1272-1307)於1290年首開其端，下令全面驅逐猶太人，其實是統治者為了強佔猶太人的財富與產業。法國在12到14世紀歷代國王就曾三番兩次驅逐猶太人，沒收他們的產業，再重新召回並強徵大筆的效忠稅。西班牙在1492年終於擊敗回教勢力，完成統一大業。為了建立純粹的基督教王國，1492年西班牙頒布諭令：「願意改教受洗的猶太人仍為其子民，並保留一切財產，拒絕改教者則限期六個月內離境且永遭驅逐。」西班牙是基於宗教的狂熱，雖然諭令強調的是改教而非驅逐，但大多數信仰堅定的猶太人不願改教，接受了驅逐的諭令，迫於時限，再加上國王禁止臨行的猶太人攜帶任何財物，結果許多猶太人孑然一身的離開，西班牙也因此得到相當的經濟利益。至於日爾曼地區的猶太人，因1420年起，方濟會和道明會的煽動，激起強大的排猶浪潮，使得日爾曼地區的猶太人逃往東歐的波蘭、立陶宛等地。