1895年，日人依據馬關條約取得臺灣，進而派兵進佔及統治臺灣。日治初期臺地衛生環境不佳，沒有一所醫治病人的現代化醫院。日軍因水土不服及風土病，亟需找尋專門醫療場所治療士兵，遂暫借臺南的赤崁樓，充當臺南地區的衛戍醫院。日治五十年間，日人建立一套醫療衛生體系。總督府正視醫療衛生，首重創辦醫院。尋覓地點並委請專家設計，在全臺各地興築現代化的公立醫院，規模宏大，尤以臺北醫院為最（今臺大醫院），臺北醫院於1912年改建。各地醫院均實施公醫制度，協助診斷和醫治病人。改變臺人對疾病的觀念，不再求神問卜而是求醫診療。醫療與社會福利政策相結合。日治時期的療養院、仁濟院、各地衛生所等，適時提供醫療資源及醫療衛生服務。院內設施，比照公立醫院，提供病患療養、預防注射、疫苗接種、健康檢查、隔離消毒、敷施上藥等預防治療工作。現代衛生觀念之建立。除了興建現代化醫院和療養設施外，總督府並留心改善臺灣衛生環境，積極移植公共衛生制度進入臺灣。包含：一、探勘水源，建造自來水工程，探勘潔淨的水源地，供給城市居民潔淨的飲用水。二、修建城市地下排水工程，興修地下水道，排放廢水，掃除污物，清潔社區環境。要之，上述基礎工程使臺灣逐漸邁向現代化社會。