近代化改革進入新的階段：為期三十年的自強運動由於甲午戰爭的失敗而告結束。有識之士認知器物改革無法達到自強的目標，思想觀念大為轉變，因而進一步要求制度方面的變革。在馬關條約簽訂的那一年，康有為、梁啟超師徒二人各地舉人發動公車上書，以變法圖強為號召。國際地位低落面臨嚴峻的外交危機：馬關條約簽訂後，西方列強爭相租借港灣，劃分勢力範圍，讓中國面臨被西方列強瓜分的嚴峻外交危機。龐大的賠款財政負擔影響國計民生至鉅：馬關條約的二萬萬兩賠款與贖回遼東代價三千萬兩，再加上向西方各國貸款的利息負擔，使中國須以往後數十年的關稅作為抵押還債之用，影響國計民生甚鉅，也阻礙中國近代化建設的發展。傷害中國工商業的發展：馬關條約中一條日人有權在中國設立工廠的規定，使西方各國可以依照最惠國待遇條款要求一樣援此例辦理。造成西方各國可以就近利用中國的低廉原料與人工，商品又可以免稅納捐，使中國的工商業無法與之競爭，嚴重打擊中國工商業的發展。甲午戰爭期間，孫中山在檀香山成立近代中國第一個革命組織興中會。中國的近代化運動至此產生二個不同路線，一為支持清廷繼續推動改革、一為推翻清廷進行徹底改造。