1915年，臺南發生西來庵事件，這個事件是以余清芳、江定、羅俊三人為首，利用西來庵董事的身分號召信徒，並奔走南北寺廟齋堂串聯同志，他們想建立「大明慈悲國」來抵抗日本政府，當時很多齋教徒都被牽連其中。余清芳以宗教的名義，一方面利用送善書的機會聯絡全臺的寺廟，積極宣揚西來庵神明的靈驗事蹟，又以販賣神符和建醮的名義對外募款。這件事情被總督府獲悉後，展開圍捕，剛開始余清芳的勢力勢如破竹，但日軍武器精良，余清芳等人只有鋤頭、耕田用的鐮刀、宋江陣等傳統武器應戰，終因人數懸殊、人員缺乏訓練、戰鬥力不夠，以及武裝配備不良等因素而敗北，被日本的軍隊與警察所鎮壓。「宗教」是余清芳革命的主要原動力，他以分送善書為由，進出各地廟宇，以藉機宣揚其理念，臺灣總督府未等待西來庵事件結束，便開始進行全台宗教調查，而使民間信仰的認識更官方受到重視。日本當局對臺灣的傳統信仰，而視為迷信的作為，他們認為臺灣民眾皆來自中國泉漳地區，而中國的泉漳地區正是好迷信的地方，且臺灣人因為與中國本土隔著重洋較少開化，讓臺灣人普遍迷信，若干的亂事，也是假借宗教之名而起的。西來庵事件發生後，日本官方下令各公學校進行區域內的社寺廟宇調查，隨後即編成《宗教調查書》。報告中需載明各寺廟的沿革、所在地、主神與信徒等資料，重要的是宗教信仰對教育的影響、學校的對應措施，以及教育該如何利用信仰等問題。《臺灣日日新報》上有一篇關於宗教調查的文章，談及總督府執行宗教調查的目的與情況，報上一再論及總督府的態度，認為當局並非控制臺灣人的信仰自由，而是因為有愚昧的民眾，誤信了邪魔歪教，導致陷入不可自拔的深淵，總督府現階段的做法僅僅是在督導而已。另外，在1919年度的《臺灣總督府事務成績提要》也有提到，臺灣人對於固有宗教的信念之深厚，實出乎日本官方之意外，但是這樣的信念卻往往被不法之徒利用，因此，對於臺灣固有的宗教，適當的調查與輔導，是必要的。教員們對其所調查的寺廟褒貶不一，誠然有些教員是贊同寺廟對地方發展的貢獻，但是站在教育者的立場，採取批判角度的總是較多，他們或許認同寺廟裡的神明，教忠教孝的節義故事是修身課的材料，卻也不諱言民間信仰對風俗教化有著「惡影響」。更有學校針對寺廟迎神賽會所演出的戲劇，當中具有「易世革命」等「惡暗示」的戲碼腳本，要求當局必須多加注意。在他們的觀點看來，臺灣舊慣信仰是一種迷信，迷信戕害臺灣民眾，而臺灣民眾對迷信的行為卻深信不疑，導致若干亂事有機可趁。因為他們都是利用臺灣民眾篤信民間信仰的心理，而假託神意起事，而這些藉著宗教力量所引發的亂事，往往一發不可收拾。由此可知，日人肯定宗教的存在價值與意義，但在其看來，臺灣傳統信仰僅是迷信而已，非關宗教。