明治維新後，日本政府實施神道國教化政策，由國家支配神社的祭神，宗教政策轉換為天皇制的國民教化。在神道國家主義下，投下巨額公帑、國費創建神社，於日本本土為彰顯楠木正成忠節而建立的湊川神社，於新領土北海道建以開拓三神大國魂命、大己貴命及少彥名命為祭神的札幌神社，於殖民地臺灣則是建以能久親王為祭神的臺灣神社。日本領臺之初，能久親王以近衛師團長之職，已未戰役中病死，當時日人認為能久親王雖為瘴癘之毒所苦，但仍勇往直前，雖不幸病逝，實為皇族的光榮。以能久為祭神，一方面可壓抑臺灣的反日情緒，藉神的權威以遏阻反日分子的行動，一方面對統治階層也有安定作用。1895年，將能久親王奉祀於臺灣神社，並尊其為新領土「總鎮守」之神。為建立臺灣神社「臺灣總鎮守」的地位，每年自國庫提供巨額的經費維持運作，每年10月28日臺灣神社例祭日時，定為國祭日全臺放假，臺灣總督並自任「奉幣使」，民政長官以下文武官、地方廳參事、街庄社長及人民總代表等，均得參加例行祭典，總督府於施政上若有任何重大決議，必須至臺灣神社參拜，並親自奉告，文武官員或民間有力人士出國歸台或有日本國內重要官紳抵台時，大多亦會至臺灣神社參拜。隨著臺灣神社的建立，日人更將神社體系擴展當臺灣各地，北部有官幣大社臺灣神社，中部有國幣小社臺中神社，南部有官幣中社臺南神社，東部有縣社臺東神社，宜蘭神社等，都是具有國家祭祀代表性的神社。另一典型的神社則是開山神社。開山神社祭祀的是鄭成功，位於臺南。清乾隆年間，臺灣民眾因景仰鄭成功之忠節，建立開山王廟奉祀，後改名為延平郡王祠。日治之初，臺南縣知事奏請，將鄭成功廟改社號為開台神社，並將其母田川氏配祀其中，此舉不但可以安慰鄭成功之忠魂，更可以掌握民意之依歸，有助於日人治理臺灣。日人為充分掌握臺灣民心，以具有日本血統的鄭成功，以作為統治臺灣的正當性之理由。在日本國家神道尚未根植新領土臺灣的階段，日人將神社與臺灣本土信仰的祠廟並存，是對臺灣宗教逐漸滲透的手段之一。