在中小學的教育改革內容中，九年一貫課程的推動扮演一定相當重要的份量。對此議題，全國國民小學一年級已於九十學年度正式實施九年一貫新課程，而國民中學亦於九十學年度全面試辦。目前各縣市多已完成九年一貫課程初階教師研習，並積極辦理進階研習。為有效推動本計畫之各項工作，整合各界資源，教育部籌組「國民中小學九年一貫推動工作小組」，定期召開會議，掌握九年一貫課程推動的各項工作進度，並針對九年一貫課程實際運作時所引發的問題進行檢討與修正。九年一貫課程的重要內涵，約略有：一、以課程綱要代替課程標準，提供教科書與教材編輯的彈性。二、以統整學習領域的合科教學取代分科教學，建構完整完整的知識體系。三、以十大基本能力統整知識、技能與情意的學習目標。四、以彈性自主節數發展學校特色，並提供教師更多彈性教學的自主空間。五、以學校課程發展委員會推動學校本位課程發展，賦予學校教師主動發展課程、自編教材及選擇教科書的機會，以符合學生的實際需要。六、以協同教學增進教學成效。七、以鄉土語言及英語課程增進學生鄉土情與國際觀。八、新興議題的融入，包括資訊、環境、兩性、人權、生涯發展、家政等，培養學生因應新生代所需的能力。九、減少授課節數以促進學校教育活潑化。十、重新訂定學習階段以強化課程的一貫和銜接。九年一貫課程實施後，在實際運作上曾經發生若干問題，如：一、教師不熟悉統整課程及協同教學之運用方式。二、家長對九年一貫課程，仍不清楚。三、英語實施年級不一，學生程度有落差。四、課程分階段實施，產生新舊課程銜接問題。五、教科書一綱多本，增加學生負擔。六、建構數學不當運用，影響學生數學運算能力。對上述問題，教育部在正式實施一段時間後，提出相關解決策略，如：一、重整九年一貫課程推動工作小組。二、落實縣市政府推動權責。三、增進行政人員課程領導、視導能力。四、強化教師教學專業知能。五、修正「九年一貫課程暫行綱要」。六、強化課程宣導，消除社會大眾疑慮。七、規劃國小英語向下延伸，平衡城鄉英語教育資源。八、推動新舊課程銜接配套措施。九、基本學力測驗，以能力指標為命題範圍。十、澄清數學教學理念，檢測學生數學綜合能力。十一、推動鄉土語言教學，促進族群相互理解。針對未來九年一貫課程改革之研發、試辦及推動，教育部提出相關基本原則及推動方向如下：一、課程改革推動之基本理念及重視學童受教權、生活經驗能力，教師專業權及家長參與教育權必須互相配合、調整適應，合作推動教育改革。二、研議調整部分領域階段能力指標之呈現方式，提出「各年級能力指標排序之建議表」，提供教科書編輯及教師自編教材之參據。三、教科書教材組織方式，除配合主題統整融合編輯外，更允許出版社就所編單元或主題等，參照各領域學科知識結構特性組織之，以利教師專長教學。四、七大學習領域教學，應掌握「課程統整之精神，視學習內容之性質，依據教師專長，實施協同教學」。五、上課前，教師應協同了解同一領域共同核心課程之知識概念；上課中，依「教師專長分工授課」，觀照學生程度及教材內容性質，進行教師專長教學，不強迫合科或分科教學。六、研擬國民中小學教師多元進修管道，透過「在地研習、學分專長、檢驗制度」之途徑，提供中小學老師更多元、更彈性的再學習機會。七、積極調整教師研習模式，除設計「基礎性及進階性課程」研習外，更強調同一領域「共同核心課程」之基礎概念研習，兼顧理論及實務操作，作為統整教學之基礎準備。八、強化課程改革之社會宣導機制，鼓勵民間教育團體、關心教育人士及家長們積極參與九年一貫課程之推動，協助政府、學校、老師共同成長，打造孩子的未來願景。九、結合地方政府教學輔導團組織，運用優秀的教師種子團隊，協助解決教學現場困境，對於偏遠教育弱勢地區，提供政府及民間更多的經費資源與照顧，消除城鄉差距所引發教育待遇不公事情。