在1994年大學法制訂實施以前，我國大學校院運作的典章規則，基本上是由教育主管機關的教育部以行政命令來予以規範，大學本身並無太多自主治校的空間。大學法的制訂目的，基本上在強調學術自由和大學自治的精神，徹底改變了國內大學教育的運作型態。政府對大學發展亦逐步鬆綁，舉凡大學組織、人事、課程、招生、師資聘任等事項，逐漸回歸由各大學自主運作；公立大學校長不再由教育部直接聘任，而經由學校遴選的程序產生，校務會議為大學最高決策會議。國立大學亦開始試行校務基金制度，取代原有的公務預算制度，課以學校財務規劃的相關責任。整體而言，大學自主的精神展現在學術自主、行政自主及師生權益的保障各方面。國立大學院校的校務基金設置，相關條例在1999年2月3日公布以來，目前全國50多所國立大專校院均已全面實施校務基金制度。教育部為賦予各國立大學財務運用等更靈活的空間，更於2001年12月21日增訂國立大學校院校務基金設置條例第七條之一條文，並修正第七條及第十條條文，規定校務基金的捐贈收入、場地設備管理收入、推廣教育收入、建教合作收入及第七條之一投資取得的有關收益等，可以不受預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令的限制，並鼓勵國立大學以研究成果、技術作價移轉或捐贈收入等投資與校務或研究相關的公司與企業。由於實施校務基金制度以後逐漸展現正面成效，各大學由過去依賴政府補助預算的情況，逐漸改為自籌部分經費，對政府的依賴減少，自主性相對提高。為因應大學自主發展的趨勢，強化大學學術自主責任，教育部自八十學年度起，訂定「授權大學及獨立學院自行審查教師資格作業要點」，逐年選定學校內部教師資格審查制度運作健全，學術審查管制機制良好的大學校院，授權使其自行審查教師資格。截至九十一學年度止，共授權32所大學，佔所有大學校院的百分之二十。為我國大學教師的資格審查，落實自治的良好基礎。早期大學入學考試，多由教育部指定相關大學設置臨時性的大學聯考招生委員會，由其負責辦理聯合招生與考試的相關庶務事項。後為改進大學入學考試，嘗試由七所大學院校聯合設置「大學入學考試中心」的常設單位，以進一步研究改進大學入學考試的有關事宜，期使大學選才過程更公平、更合理，也更能引導中學教育的正常發展。