道光三十年（1850）「拜上帝會」趁勢崛起後，咸豐年間，太平軍已經擴延到長江流域。在遍地烽火的破壞下，東南各省死傷慘重，經濟頓挫，直接重創了傳統航運業。咸豐三年（1853），曾國藩在請立衡陽水師的奏摺中，就曾提到沿江一帶民船的情形：「前在江西，近在湖北，凡傍水之區，城池莫不殘毀，口岸莫不蹂躪，大小船隻莫不擄掠。」咸豐晚年，太平天國為挽救長江中、上游的頹勢，傾力向下游發展，連素來為江南膏腴之地的蘇州、松江一帶，歷經數度的兵劫之後，「縱橫千里之內，人?寥落，邑里榛蕪……」，凋零殘破的窘況，航運貿易自然隨之衰竭。東南各省原是大清帝國的財賦之區，此時也因戰亂造成「既無地丁可催征，亦乏漕糧可起解。」在地方生產停止下，漕糧無法征解本色，對後來從貿易轉以運漕為生的傳統沙船業，更是雪上加霜。除了原有的經濟利基嚴重流失外，傳統航運業者還面臨外在政治勢力的壓迫。不但太平軍對航商業者加以豪奪擄掠，許多紀律敗壞的官軍，亦肆意勒索搶?，甚至藉故軍用、濫加征用民船，曾國藩在批示鮑超稟文中即提到情形之嚴重：「貴軍門聽將士之言，貪舟中之逸，不願登陸，此次擄船至千餘號之多，大通荻港各卡、厘金大減，船戶人人含怨。」同時，鑑於國家財政支絀，但軍用浩繁，釐金制度因應而生。之後，凡華商運貨販賣，一律須「逢關納稅，遇卡抽釐」。只要當地高級軍政長官，認為必要，便可隨意添設，造成華商所納釐金，較尚有定數的關稅高出若干倍。曾國藩於同治六年致予總理衙門的信件中，論及沙船衰敝的原因之一：「蓋由東南數省未靖之先，數年間貨物暢銷無路，加以餉項日重，每一號沙船出洋，非先捐數百或千兩以外不可，以故停擱不行。」相較於兵亂重挫傳統航運業，對洋船反倒是利多弊少。由於震於洋人艦砲的威力，以及需要洋商走私的物資，太平軍對洋船固然不敢留難；同樣地，官軍又豈敢苛擾。再根據議定的《通商各口通共章程》，明白規定洋商進口的貨物，只須繳納一口正稅，若轉運到他口銷售，也只需另納一子口半稅，因此洋商自然免除釐金或其他的苛捐雜稅。交付洋船運載的貨物，釐捐便可免繳；甚至船隻只要掛有外國旗號，捐卡釐局即不予過問。如此一來，華船生意慘澹，部分船商轉而購買洋船，託由洋人經營，或者和洋商合作，共同使用外商的旗號，傳統航運難免日趨式微。