國民黨黨機器的衰弱，致使「以黨訓政」難成現實。特別在1933年以後，由於戰雲逐漸密佈，黨國體制以軍事化為重點。就體制言，國府軍事委員會早於1925 年即已成立，原為國民政府轄下主管軍事之機構，採委員制。1931 年蔣介石辭卸國民政府主席一職，隔年即以軍事委員會委員身分復出，軍委會之體制漸由委員制轉為首長制。此後，蔣即以軍事委員會「委員長」身分指導軍政之運行，馴至外界多有視軍委會為中國之「第二政府」。在剿共省區，蔣介石曾於1931年，設置「海陸空軍總司令部行營黨政委員會」，指揮戰區的黨政與宣傳工作。1933年，復改組成立「軍事委員會委員長南昌行營」。名義上作為軍事機構的南昌行營，在其觸角所及的各地，由鄂而贛而川，施行龐大而全面的民政管理。如推行省政府合署辦公、行政督察專員制度、各縣政府裁局改科、各縣分區設署，以及編查保甲戶口、整理保安團隊，進行農村改革，籌辦示範農場，預防水旱災荒，興辦特種、生產教育、提倡體育，並整理省縣地方財政、督修公路、禁煙禁毒，可謂無所不括。換言之，蔣透過戰區行營的設置，控制著地方黨務、民政、經濟。即便是1934年發動的「新生活運動」，亦是軍事當局率先在「剿匪區域」內率先推行。1932年底，蔣介石於軍委會之下設「國防設計委員會」，網羅全國碩彥名流、學者專家，負責調查研究全國各種資源狀況及國內外政治局勢，可視為蔣之智囊團。其後國防設計委員會於1935年改組為資源委員會，仍隸屬軍委會，並擴為主導中國重工業建設之機構。中日戰爭爆發後，國府更明定「委員長肩負全部國防責任，擁有對陸、海、空軍的最高指揮權，並指導全國民眾。」據此，國府大部分職責已為軍委會接管，軍委會成為中國實際政治中心。而蔣得於兵馬倥?之際依舊日理萬機，更重要的還是「侍從室」之設。1932年成立的侍從室，初期組織簡單，但至1940年代，已分掌軍事、黨政、外交、情報等業務。此固可視為蔣的軍事專權，但不可否認亦為中國政治、社會軍事化的結果。至此，「蔣委員長」成為中國抗戰的最高象徵，軍凌駕了黨與政，成為主導國家最重要的力量。1938年，蔣介石當選為國民黨總裁，反映了蔣的領導權威終於得到全黨的正式認可。反之，黨政資歷遠較蔣悠久的汪精衛，只得副總裁的名位。論者咸以為，汪對此難免有不快之處，最終導致他離開蔣，與日本進行「和平運動」，建立了所謂「汪偽政權」。