清代書院的官學化，為書院的發展與生存提供了有利的條件，例如資金和法令的保障，同時卻也為書院帶來了不利的影響，例如私人講學傳統的破壞、淪為科舉考試的附庸等。書院官學化越深，對於書院教育、學術、文化的發展就更不利。不過仍有書院保持傳統，進行講學、編書的工作。阮元創建了詁經精舍、學海堂，這兩個書院以學術研究為重心。在教學上採取「因材施教」的方式，根據學生專長，選擇不同的老師進行學習，並且鼓勵學生獨立進行研究。另外，在書院師生的努力下，編纂了不少書籍，例如十三經注疏校勘、學海堂經解等。鴉片戰爭爆發後，中國人面臨三千年來未有之變局。中國對外戰爭失敗後，被迫不斷與外國簽訂不平等條約。針對這種局面，中國士大夫紛紛提出了變法圖強的主張。在這種風氣之下，中國書院發展邁入了另一個階段。光緒二十四年(1898年)四月，光緒皇帝展開了著名的「戊戌變法」。這次的變法著重於制度層面的改革，維新派人士於是大力提倡新學，並主張建立新式學堂。因此在當年五月二十二日，清廷下令全國各地所有書院，一律改為新式學堂。省城書院改為「高等學堂」，郡城書院改為「中學堂」，州縣書院改為「小學堂」。後來以慈禧太后為首的守舊派人士發動了戊戌政變，慈禧太后重新掌權，戊戌變法只維持了一百多天便告失敗。慈禧太后認為書院與學堂，名異實同，所以下令停罷學堂，恢復書院。書院雖然得以恢復，但是書院改革已經成為歷史發展趨勢。清朝名臣張之洞、劉坤一就認為書院積弊過深，要求改革。清廷接受兩位大臣的意見，在慈禧太后主導的庚子新政裡，光緒二十七年(1901年)八月，下詔改「書院」為「學堂」，結束了持續千年之久的中國古代書院制度。書院教育終結。