台灣的史前文化的主人究竟是誰？按照今日考古學家的說法，除了澎湖地區和台灣歷史時代的遺跡，是跟漢人有關之外，其餘的史前文化遺跡大致上都是屬於南島語族的的文化。只是隨著時光遞嬗，在台灣的史前文化逐漸交流融合，但是還是屬於南島語族的文化。考古學家主要依據器物形制的相似性、分布區域的重疊性和時代上的接近性，推測上述這些鐵器文化的主人，有可能即是今日臺灣南島民族某些族群最近的祖先。例如，台灣北部的十三行遺址被認為與平埔族之一的凱達格蘭族有密切的關連性，他們所依靠的主要證據，除了時代上的接近，即是兩者的陶器都以方格印紋為特徵，而且活動區域都是在臺灣北部海岸一帶。近來亦有學者從語言或人體形態上進行研究，企圖作更充份的驗證。其他如分布於臺灣西南部的蔦松文化遺址群中裡的一部份遺址出現的鳥首狀陶器，學者指出與西拉雅族的公廨中旁邊的兩隻鳥完全一樣，加上蔦松文化的分佈範圍與西拉雅族的活動範圍重疊，來推測雙方之間的關連，和分布於花東海岸一帶的靜浦文化與阿美族的關連，也都是基於類似的證據。雖然，嚴格的講，這些證據都還不算充分。但是如上所述，近來在宜蘭礁溪淇武蘭遺址、臺南科學工業園區之大道公遺址，及臺東太麻里之舊香蘭遺址，都發現了可與近代臺灣原住民聯繫之更具體的證據，並且可據以向上追溯到新石器時代之文化，對瞭解臺灣現代原住民之源流和發展甚具意義。