法國很早就注意到臺灣的優越條件。因此，在清法戰爭中，法國意圖佔領臺灣作為談判的條件，並非突然之舉。其後，雙方議和時，臺灣問題當然也受到一定程度的重視。1884年9月，法國總理曾向法國駐中國公使發出訓令，指示要求中國履行條約，並應取得相當於賠款的質押品，指出基隆港及其礦場收益便具有此一價值。又指出清國不必割讓領土主權，僅讓渡基隆的行政管理、海關、煤礦及該港相關的所有權利即可，期限九十九年。法國公使則參考孤拔的建議，向清國代表提出割讓基隆、淡水兩港及其煤礦作為賠償。10月，清國儘管邀請美國出面調停，仍面臨法國對於華南、臺灣等地特權的要求。由於法國不再要求賠償，同時，特別看中基隆和淡水海關及其礦區的價值。李鴻章對於法國企圖佔領臺灣若干年，十分謹慎處理，始終不敢答應。清廷最後決定不斷增派兵船及兵員，以解臺灣之困境，同時，拒絕法國佔領基隆、淡水。交涉中臺灣問題經常是談判的核心，始終無法達成協議。然而，1885年以來，法軍在臺灣所面臨的戰況，使法國逐漸體認佔領臺灣的困難度，轉而放棄威脅佔領臺灣，改採封鎖臺灣和佔領澎湖群島。孤拔佔領澎湖後，建議法國政府將澎湖打造成東亞第一堡壘，並獲得同意。其後，1895年日本領有臺灣後，法國參與三國干涉還遼行動時，仍向日本提出澎湖群島「非要塞化」的要求。安南戰局的發展也有助於和議，法國自諒山之役後，不再固執於臺灣問題，同意自兩處撤退和議和。1885年6月，法軍撤出臺灣，7月，撤出澎湖群島。