西元十六世紀，宗教改革運動如火如荼的進行，義大利半島也吹起改革的風氣。許多義大利的人文主義學者公開指責羅馬教會各種腐化現象，甚至連教廷內部居領導地位的人士，都認為必須從教會內部革除積弊，義大利不少主教紛紛自動革除教區內的積弊，改倡服務貧苦、提高道德，羅馬公教內部興起改革風氣。保羅三世於西元1534年當選教皇後，便開始著手羅馬公教內部的改革工作。首先組織一批高級教士成立委員會，調查各地積弊，並撤換不適任的神職人員，又整頓教會財政，嚴禁舞弊徇私。保羅三世還恢復「異端裁判法庭」，阻止新教的傳佈與活動，並召開特稜特宗教會議，希望能解決各種有關宗教改革的問題。特稜特宗教會議由三位教皇，保羅三世、朱利三世、庇護四世分別召開過三次，主要重申舊有教義、禁止發售贖罪卷、禁止教士兼職，並設立神學院嚴格訓練教士。此外，成立檢查機構以查禁禁書與新教宣傳品、校訂標準的拉丁文聖經。因為這幾次羅馬公教自身的改革，使得羅馬公教可以穩住自己的地位，不置於被新教徹底推翻。