順治皇帝在位期間，以教士湯若望為欽天監監正，令其主修曆法，對他寵信異常。但新安衛官生楊光先在順治十六年（1659年）撰《闢邪論》，斥天主教為邪教，湯若望藉曆法以安插黨羽。次年又上疏，謂湯若望修的《時憲書》封面載有「依西洋新法」字樣，實欲大清奉西洋之正朔，但他的反教言論並沒有被接受。順治皇帝死後，楊光先又撰《不得己書》，繼續攻擊洋教和西曆，甚至指稱因湯若望錯定曆法，造成順治及后妃、皇子之死。時康熙年幼，由鰲拜輔政，他下令緝捕湯若望、南懷仁等傳教士，旋於次年初判湯若望凌遲處死，其他人杖後放逐，各地傳教士也或監或逐。相傳最後欲定案時，北京發生地震，於是孝莊皇太后因此赦免四名教士，但鰲拜卻改派楊光先接任欽天監的職務。康熙皇帝親政後，查明曆獄，下令將楊光先革職，以南懷仁為欽天監監正，恢復使用《時憲曆》，為湯若望平反冤獄，但仍未全面開放教禁。康熙三十一年（1692年），皇帝一度下令廢除禁教令，謂天主教的教理大致與中國禮教相合，並准教會在境內建立教堂。但自康熙四十五年（1706年）起，中國與教廷發生禮儀之爭，於是再度引發了禁教。