光緒元年(1895)沈葆楨奏請改噶瑪蘭廳為宜蘭縣，另外在艋舺設淡水縣，雞籠地區獨立成廳，並改名為基隆，將噶瑪蘭廳通判改為台北府分防通判，移駐基隆；並在大甲溪以北添設台北府，將原來淡水廳轄區的頭前溪以南地區單獨成立為新竹縣。台北府轄區就包括新竹、淡水、宜蘭三縣、以及基隆廳，並以淡水縣為附郭縣，加強北部的行政組織。此次改革一方面使台灣成為二府八縣四廳的規模，為近二百年之創舉，也確立了台北的政治地位，具有促進台灣北部地區近代化的功能。另外在中南部，沈葆楨也針對台灣移墾、開發的實際情況，重新調整行政區劃。將嘉義縣南部的曾文溪以南地區劃歸台灣縣，使台灣府附郭縣台灣縣轄境向北擴大二十里。又改彰化縣埔里社「番地」地區為廳，奏改「北路撫民理番同知」為「中路撫民理番同知」；另外在東部後山地區設立卑南廳，移「南路撫民理番同知」駐守。故至光緒元年台灣一地共增添台北府，轄淡水縣、新竹縣、宜蘭縣。光緒10年(1884)增設埔里社廳、卑南廳，於是全臺增為二府四縣八廳。